- Versión: 2021-2022
- Asignatura (grado): Ecología (Ciencias ambientales)
- Autor: Curro Bonet-García (fjbonet@uco.es)
- Duración: 3 horas.
En esta práctica se plantean los siguientes objetivos que se agrupan en dos tipos de competencias diferentes:
Disciplinares: Están relacionados con competencias propias de la ecología.
Instrumentales: Están relacionados con la adquisición de competencias en el manejo de herramientas potencialmente útiles en ecología y en otros ámbitos.
Estos objetivos se abordarán usando como contexto espacial el espacio protegido de Sierra Nevada, donde realizaremos una salida de campo.
En esta práctica trabajaremos en un aspecto muy importante en los ecosistemas terrestres: la producción primaria. Cuantificaremos cómo se lleva a cabo el proceso de transformación de la materia inorgánica en orgánica a través de la fotosíntesis. Esto quiere decir que para mejorar el proceso de aprendizaje es necesario que conozcas los conceptos teóricos que veremos en el tema sobre producción primaria. Como este curso vemos la práctica antes del tema teórico, te sugiero que eches un vistazo a este material. Para lograr los objetivos anteriores usaremos imágenes procedentes de sensores alojados a bordo de satélites que orbitan alrededor de la Tierra.
Los satélites pueden detectar y cuantificar la actividad fotosintética porque son sensibles a las longitudes de onda que utilizan las plantas cuando para generar materia orgánica. Cuando una planta está viva y haciendo la fotosíntesis tiene una "firma espectral" determinada. Cuando está muerta o no hace la fotosíntesis tiene otra diferente. Esto se debe a que cuando están haciendo la fotosíntesis son capaces de absorber ciertas bandas del espectro electromagnético (concretamente el rojo). Teniendo en cuenta esto es posible construir índices que cuantifican cómo de intensa es la fotosíntesis en un lugar determinado y en un tiempo concreto. En esta práctica aplicaremos uno de los índices más comunmente utilizados, el NDVI: Normalized difference vegetation index. En concreto en esta ocasión usaremos datos suministrados por un satélite llamado Landsat 7, que pasa por cada punto de la Tierra cada 16 días. Los sensores que tiene este satélite permiten calcular el NDVI en cada pasada. Landsat 7 se lanzó en 2000 y sigue enviando información en la actualidad. La resolución espacial de esta información es de 30 metros.
De manera más concreta, durante esta sesión trabajaremos con imágenes de satélite a dos escalas temporales diferentes:
Escala bidecadal: Obtendremos una imagen que mostrará el valor promedio de NDVI desde 2000 hasta 2020 en Sierra Nevada a una resolución de 30 m. Esta información nos da idea de la cantidad de biomasa fotosintéticamente activa que se acumula en cada punto del territorio. Nos dará una idea de la estructura de la vegetación.
Escala interanual
Escala intraanual: Generaremos una gráfica que mostrará cómo cambia el NDVI (por tanto la producción primaria) en todo el territorio a escala mensual (intraanual) en el año 2000. Esta gráfica nos dará información sobre cómo cambia la producción primaria dentro de un año. Es decir, podremos observar procesos ecológicos como la fenología. Además, analizaremos cómo cambia la curva anual de NDVI en un gradiente altitudinal.
Esta presentación describe con más detalle los conceptos teóricos que sustentan esta práctica. Y la siguiente figura muestra el resumen de las tareas a abordar.

Esta práctica se desarrollará de forma diferente a como hemos trabajado con las anteriores. Ya llevamos varias sesiones en las que habéis trabajado con SIG y con R. Así que creo que ha llegado el momento de que pongáis en práctica lo que habéis aprendido. Por ello, durante esta sesión yo no os acompañaré en la ejecución de las acciones de manejo de datos. En las siguientes secciones tenéis información detallada sobre los pasos que debéis dar. Tendréis que trabajar de forma más o menos autónoma. Esto ocurrirá en la primera parte de la práctica (1.5 horas). Durante la segunda mitad de la sesión trabajaremos juntos en la interpretación ecológica de los resultados obtenidos. De forma más sintética esta práctica tendrá la siguiente estructura:
Primera parte (1.5 horas). Los estudiantes desarrollan el guión y generan los resultados que deben de almacenarse de manera lógica y coherente en una carpeta de su elección (fuera del escritorio, por favor). Si en esa parte surgen dudas, procederéis dando de forma secuencial los siguientes pasos:
Segunda parte (1.5 horas): Cuando todos tengamos los procedimientos terminados prepararemos un proyecto de QGIS y sobre él "visitaremos" varios lugares de Sierra Nevada para analizar cómo cambia la actividad fotosintética en las distintas escalas espaciales y temporales descritas en la sección anterior.
El conjunto de procedimientos de agrupación y análisis de datos que realizaremos se puede ver en el siguiente esquema (puedes hacer zoom en él seleccionando la lupa que hay en la parte inferior). Dicho esquema se puede descargar aquí.
Las siguientes secciones contienen información sobre cómo completar toda la práctica. Sin embargo, pueden realizarse de manera independiente. Si vas a empezar por la primera y a completarlas todas secuencialmente, debes de dar los siguientes pasos solo una vez. Si no empiezas por la primera, haz estos pasos y luego sigue. Cuando cambies de sección no tienes que volver a dar estos pasos:
Para las secciones 1, 2 y 3 necesitas descargar este archivo comprimido (NDVI_maximo_anual.zip) y guárdalo en una carpeta (que no sea el escritorio). Descomprime el archivo zip. Verás muchas imágenes con extensión .tif. Cada una de ellas muestra el valor máximo de NDVI de cada píxel para el año en cuestión. Esto se ha obtenido procesando imágenes del satélite Landsat que pasa por cada punto de la Tierra cada 16 días. Asegúrate de que Windows ha descomprimido correctamente el archivo.
Ahora vamos a preparar un proyecto de QGIS en el que visualizar todos los resultados que obtengamos. En dicho proyecto pondremos ortofotografías de varios años para poder distinguir cuándo los cambios en el funcionamiento del bosque están alineados o no con cambios en su estructura. Para añadir estas fotografías a un proyecto de QGIS tienes dos opciones:
Opción fácil:
Opción menos fácil: Esta opción consiste en que tú construyas tu propio proyecto de QGIS con las ortofotos que necesitamos. Sigue estos pasos. Este vídeo también describe bien cómo proceder:
Crea un proyecto QGIS vacío.
Ahora tienes que repetir los siguientes pasos tantas veces como elementos haya en la siguiente lista:
Ve a la opción de crear conexiones WMS (en el menú capa -> Cargar nueva capa -> Servicio WMS. También puedes encontrar esta opción en la barra de navegación, a la izquierda). Dale a crear nueva conexión.
Ahora tienes que copiar una de las URL que aparece en la lista anterior. Ojo: copia también el signo de interrogación que hay al final de alguna de las URLs.
Pon el nombre de la conexión que más te guste. Te recomiendo que pongas el nombre que aparece en la lista de arriba junto a la URL.
Pega la URL en el campo correspondiente.
Dale a aceptar.
Conéctate al servicio y carga la capa correspondiente.
En primer lugar analizaremos cómo el índice de vegetación es útil para caracterizar la cantidad de biomasa que hay en un lugar determinado. Para ello calcularemos el valor promedio del NDVI máximo anual para todos los píxeles de la zona de estudio. Haremos lo siguiente:
Este flujo de trabajo está también explicado en este vídeo. La idea es generar una gráfica que muestre los valores máximos anuales de NDVI en cada píxel. Esto nos permitirá conocer cómo cambia el NDVI a lo largo de los 21 años que estamos estudiando. Veremos el impacto de las sequías o de los incendios forestales, por ejemplo. A lo largo de la sección verás una explicación de la función que queremos realizar y luego unas líneas de código que la ejecutan. Debes de leer el texto explicativo, tratar de entenderlo y luego ejecutar una a una las líneas de código que hay debajo.
Seguiremos los siguientes pasos:
x## Definimos directorio de trabajo y cargamos los paquetes necesariossetwd("/Users/fjbonet_trabajo/Downloads/ndvi")
xxxxxxxxxx#Instalar y cargar los paquetes necesarios.install.packages("Kendall")install.packages("rgdal")install.packages("raster")
library(raster)library(rgdal)library(Kendall)
Crea una pila de archivos que contiene todos los archivos con extensión .tiff que estén en tu carpeta de trabajo.
xxxxxxxxxx## Empaquetamos todas las imagenes tiff en una unica imagen multibandalista_imagenes <- list.files(pattern='*.tif', full.names=TRUE)ndvis <- brick(stack(lista_imagenes))plot(ndvis)
# Exportamos la imagen a tifwriteRaster(ndvis, filename="ndvi_2000_2020.tif", format="GTiff", overwrite=TRUE)

En las gráficas anteriores vemos cómo en algunos píxeles hay una tendencia hacia más NDVI y en otros hacia menos. Esto puede deberse a varios factores ambientales: incendios (caídas bruscas del NDVI), tratamientos forestales de reducción de la densidad (caídas de NDVI) o regeneración natural de la vegetación (aumento sostenido del NDVI). Es posible cuantificar esta tendencia usando un test estadístico llamado Mann Kendall. Este test analiza los valores anuales de NDVI y cuantifica si se ajusta a una línea ascendente o descendente. Si la tendencia es hacia más NDVI, el valor del test será positivo (como máximo de 1). Si la tendencia es negativa, el test arrojará un valor número negativo (mínimo de -1). Procederemos de la siguiente forma:
xxxxxxxxxx## Calculamos la serie temporal de todos los pixeles
fun_k <-function(x){return(unlist(MannKendall(x)))}xxxxxxxxxxkendal_result <-calc(ndvis, fun_k)
xxxxxxxxxx# Exportamos la tendencia (tau) a un tifwriteRaster(kendal_result$tau, filename="tau.tif", format="GTiff", overwrite=TRUE)
En esta última parte de la práctica cambiaremos de escala. Ahora, en lugar de analizar los valores de NDVI de cada año, usaremos los valores promedios de cada mes de un año concreto: 2000. Así, obtendremos una gráfica que muestra la estacionalidad (cambios de la producción primaria a lo largo del año). Procederemos de la siguiente manera:
Si no has conseguido hacer lo que se describe en el guión, no te preocupes. Aquí puedes descargar un zip con toda la información que necesitas para la discusión ecológica. Dicho zip contiene la siguiente información:
Proyecto de QGIS (resultados_ndvi_Sierra_Nevada.qgz) que deberás abrir porque en él están referenciados los siguientes conjuntos de datos.
Capa vectorial con las zonas de interés que estudiaremos en la siguiente sección (zonas_interes_NDVI.shp). Contiene una serie de polígonos en los que se dan situaciones relevantes que podremos analizar con una perspectiva ecológica.
Grupo "escala bidecadal":
Grupo "escala interanual":
Grupo "escala mensual":
Si has concluido todo con éxito, recibe mis felicitaciones :) Para seguir necesitas la capa vectorial que contiene los lugares que "visitaremos" en la siguiente sección. Descárgala aquí y ponla en el proyecto con el que has estado trabajando en toda la clase.
También puede ser que no te haya dado tiempo a terminar la práctica en clase y que no tengas ordenador con el software necesario en casa. En ese caso puedes usar los escritorios virtuales de la UCO (que ya funcionan de nuevo). Puedes acceder a dichos escritorios en esta URL. Sigue las instrucciones que te dan en la página anterior.
Una vez obtenidos los resultados, los analizaremos usando para ello el conocimiento ya adquirido sobre el concepto de producción primaria.
"Iremos" a varios lugares de Sierra Nevada y aprenderemos algo del funcionamiento de sus ecosistemas forestales mediante el análisis de toda la información anterior.
Verás que cada polígono de la capa de zonas de interés tiene un número. Cada uno nos permite identificar distintos elementos interesantes a las tres escalas de trabajo que hemos experimentado:
Escala bidecadal:
Distribución espacial de la biomasa fotosintéticamente activa.
Escala interanual:
Escala intraanual:
Para esta práctica tienes que completar un ejercicio parecido a lo que hemos hecho en la discusión que hay más arriba. Descarga este fichero de formas y despliégalo en el proyecto que ya tienes elaborado. Verás que solo contiene un polígono. Acércate a dicho polígono y trata de construir una historia que explique el comportamiento de ese ecosistema en los últimos 21 años. Para ello deberás utilizar la información de las imágenes de satélite que hemos elaborado y también las ortofotos de distintas fechas.
A modo de guía, puedes reflexionar sobre las siguientes preguntas:
Tipo de vegetación:
Funcionamiento y estructura:
Fíjate en la gráfica interanual y en el valor de la tendencia.
Los cambios que observas:
Plasma tu "historia" en un documento de texto que contenga también imágenes con las gráficas que generes y también los mapas que consideres oportunos. Recuerda que puedes usar las ortofotos de distintas fechas para analizar si el cambio en el funcionamiento está alineado o no con los cambios ena estructura.
La imagen siguiente muestra en 3D el aspecto de la zona propuesta:

Sube tu ejercicio (en formato word o similar) a este enlace de Turnitin. Será evaluado siguiendo los siguientes criterios:
| No entrega | Insuficiente | Aceptable | Bien | Buen trabajo | Excelente |
|---|---|---|---|---|---|
| Manejo herramientas. Se evalúa tu manejo de las herramientas informáticas que hemos usado en la práctica. Esto se hace en función de la calidad de la información que aportas." | No entrega nada o es incomprensible. | Las gráficas y mapas que aportas son manifiestamente mejorables | Los mapas y gráficas son significativos, pero están a una escala insuficiente o no muestran bien los procesos ecológicos descritos. | Buena composición de los mapas y gráficas. | Has maquetado de manera muy elegante el material suministrado. Los mapas tienen su escala y la gama de colores es explicativa. |
| Historia eoclógica. Se evalua si has contestado de manera razonada a la pregunta sobre la historia de la zona propuesta. No se trata de que aciertes o no, sino de que lo que cuentas sea plausible." | No entrega nada o es incomprensible. | Tu respuesta no tiene ningún sentido ecológico. | Has aportado una respuesta pobremente justificada. Tus argumentos no se sostienen. | Además de responder de manera lógica, has sustentado tus argumentos con conceptos ecológicos. | Has conectado la pregunta con otros conceptos que hemos visto en la asignatura. Muestras gran capacidad de transferir conocimiento de un ámbito a otro. |
| Legibilidad. Hace referencia a lo bien escrito que está el texto y a su legibilidad" | No entrega nada o es incomprensible. | Apenas entiendo lo que has escrito | He tenido que reinterpretar casi cada frase para entenderlo | Se entiende bien todo, pero el texto no es fluido | Muy buena redacción. La lectura fluye fácilmente, cual novela. |
Aquí puedes ver los resultados que, por ahora, arroja esta encuesta sobre grado de satisfacción de los objetivos planteados. Por favor, rellénala si no lo has hecho ya. Se tardan 10 segundos y sus resultados son de gran utilidad para mejorar los contenidos cada año. Gracias.


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