Guión de la práctica "caracterización de cambios temporales y espaciales en el funcionamiento de ecosistemas Mediterráneos mediante teledetección"

  • Versión: 2021-2022
  • Asignatura (grado): Ecología (Ciencias ambientales)
  • Autor: Curro Bonet-García (fjbonet@uco.es)
  • Duración: 3 horas.

 

Objetivos

En esta práctica se plantean los siguientes objetivos que se agrupan en dos tipos de competencias diferentes:

Estos objetivos se abordarán usando como contexto espacial el espacio protegido de Sierra Nevada, donde realizaremos una salida de campo.

 

Introducción: teledetección y ecología

En esta práctica trabajaremos en un aspecto muy importante en los ecosistemas terrestres: la producción primaria. Cuantificaremos cómo se lleva a cabo el proceso de transformación de la materia inorgánica en orgánica a través de la fotosíntesis. Esto quiere decir que para mejorar el proceso de aprendizaje es necesario que conozcas los conceptos teóricos que veremos en el tema sobre producción primaria. Como este curso vemos la práctica antes del tema teórico, te sugiero que eches un vistazo a este material. Para lograr los objetivos anteriores usaremos imágenes procedentes de sensores alojados a bordo de satélites que orbitan alrededor de la Tierra.

Los satélites pueden detectar y cuantificar la actividad fotosintética porque son sensibles a las longitudes de onda que utilizan las plantas cuando para generar materia orgánica. Cuando una planta está viva y haciendo la fotosíntesis tiene una "firma espectral" determinada. Cuando está muerta o no hace la fotosíntesis tiene otra diferente. Esto se debe a que cuando están haciendo la fotosíntesis son capaces de absorber ciertas bandas del espectro electromagnético (concretamente el rojo). Teniendo en cuenta esto es posible construir índices que cuantifican cómo de intensa es la fotosíntesis en un lugar determinado y en un tiempo concreto. En esta práctica aplicaremos uno de los índices más comunmente utilizados, el NDVI: Normalized difference vegetation index. En concreto en esta ocasión usaremos datos suministrados por un satélite llamado Landsat 7, que pasa por cada punto de la Tierra cada 16 días. Los sensores que tiene este satélite permiten calcular el NDVI en cada pasada. Landsat 7 se lanzó en 2000 y sigue enviando información en la actualidad. La resolución espacial de esta información es de 30 metros.

De manera más concreta, durante esta sesión trabajaremos con imágenes de satélite a dos escalas temporales diferentes:

Esta presentación describe con más detalle los conceptos teóricos que sustentan esta práctica. Y la siguiente figura muestra el resumen de las tareas a abordar.

 

resumen

 

 

Organización general de la práctica

Esta práctica se desarrollará de forma diferente a como hemos trabajado con las anteriores. Ya llevamos varias sesiones en las que habéis trabajado con SIG y con R. Así que creo que ha llegado el momento de que pongáis en práctica lo que habéis aprendido. Por ello, durante esta sesión yo no os acompañaré en la ejecución de las acciones de manejo de datos. En las siguientes secciones tenéis información detallada sobre los pasos que debéis dar. Tendréis que trabajar de forma más o menos autónoma. Esto ocurrirá en la primera parte de la práctica (1.5 horas). Durante la segunda mitad de la sesión trabajaremos juntos en la interpretación ecológica de los resultados obtenidos. De forma más sintética esta práctica tendrá la siguiente estructura:

 

Flujo de trabajo general: procesamiento y análisis de imágenes de satélite

El conjunto de procedimientos de agrupación y análisis de datos que realizaremos se puede ver en el siguiente esquema (puedes hacer zoom en él seleccionando la lupa que hay en la parte inferior). Dicho esquema se puede descargar aquí.

 

Las siguientes secciones contienen información sobre cómo completar toda la práctica. Sin embargo, pueden realizarse de manera independiente. Si vas a empezar por la primera y a completarlas todas secuencialmente, debes de dar los siguientes pasos solo una vez. Si no empiezas por la primera, haz estos pasos y luego sigue. Cuando cambies de sección no tienes que volver a dar estos pasos:

  1. Para las secciones 1, 2 y 3 necesitas descargar este archivo comprimido (NDVI_maximo_anual.zip) y guárdalo en una carpeta (que no sea el escritorio). Descomprime el archivo zip. Verás muchas imágenes con extensión .tif. Cada una de ellas muestra el valor máximo de NDVI de cada píxel para el año en cuestión. Esto se ha obtenido procesando imágenes del satélite Landsat que pasa por cada punto de la Tierra cada 16 días. Asegúrate de que Windows ha descomprimido correctamente el archivo.

  2. Ahora vamos a preparar un proyecto de QGIS en el que visualizar todos los resultados que obtengamos. En dicho proyecto pondremos ortofotografías de varios años para poder distinguir cuándo los cambios en el funcionamiento del bosque están alineados o no con cambios en su estructura. Para añadir estas fotografías a un proyecto de QGIS tienes dos opciones:

    • Opción fácil:

      • Descarga y descomprime este proyecto de QGIS a la carpeta en la que estés trabajando y ábrelo. Verás que se cargan ortofotografías de varias fechas. Todas ellas proceden de servicios WMS que yo he preparado para tí.
      • Carga en este proyecto una imagen tif de las que has obtenido en el punto 1 de esta sección. Usaremos esa imagen únicamente para ubicarnos en la zona de estudio.
      • Guarda el proyecto y sigue con las distintas secciones.
      • Lo malo de esta opción es que, según he visto en algunos grupos, el proyecto a veces no carga bien las imágenes. Otras veces este proyecto genera problemas con la herramienta de QGIS que usamos para mostrar la gráfica de la serie temporal de NDVI.
    • Opción menos fácil: Esta opción consiste en que tú construyas tu propio proyecto de QGIS con las ortofotos que necesitamos. Sigue estos pasos. Este vídeo también describe bien cómo proceder:

      1. Crea un proyecto QGIS vacío.

      2. Ahora tienes que repetir los siguientes pasos tantas veces como elementos haya en la siguiente lista:

      3. Ve a la opción de crear conexiones WMS (en el menú capa -> Cargar nueva capa -> Servicio WMS. También puedes encontrar esta opción en la barra de navegación, a la izquierda). Dale a crear nueva conexión.

      4. Ahora tienes que copiar una de las URL que aparece en la lista anterior. Ojo: copia también el signo de interrogación que hay al final de alguna de las URLs.

      5. Pon el nombre de la conexión que más te guste. Te recomiendo que pongas el nombre que aparece en la lista de arriba junto a la URL.

      6. Pega la URL en el campo correspondiente.

      7. Dale a aceptar.

      8. Conéctate al servicio y carga la capa correspondiente.

     

 

Sección 1: NDVI promedio de toda la serie temporal: Cantidad de biomasa fotosintéticamente activa

En primer lugar analizaremos cómo el índice de vegetación es útil para caracterizar la cantidad de biomasa que hay en un lugar determinado. Para ello calcularemos el valor promedio del NDVI máximo anual para todos los píxeles de la zona de estudio. Haremos lo siguiente:

  1. Asegúrate de haber completado los dos pasos de la sección anterior.
  2. Ahora carga todas las imágenes QGIS. Puedes arrastrar los archivos tif a QGIS o seleccionar "cargar capa raster" del menú "capa". Verás muchas capas en una paleta de colores de escala de grises. Puedes cambiar la paleta a alguna imagen para ver mejor cómo se distribuye el NDVI máximo anual.
  3. A continuación calcularemos el valor promedio de cada año para cada píxel. Abre la calculadora raster del menú "raster". Ahí debes de ir seleccionando todas las capas haciendo click sobre ellas y sumándolas. Luego pon un paréntesis entre todas las capas y divídelo todo por el número de capas. Así obtendremos el valor promedio. Guarda la imagen en tu carpeta y llámale "ndvi_promedio_2000_2020.tif".
  4. Acabado el cálculo, se cargará la imagen automáticamente. Una vez que esto ocurra, represéntala con la paleta de colores "greens". Como siempre: doble click sobre la capa, pestaña de estilo o simbología (dependiendo de tu versión de QGIS), "single band pseudocolor". Ponla también algo transparente (50%) para que se vea la ortofoto de fondo.
  5. Si no has conseguido hacer el proceso, no te preocupes, aquí puedes descargar el resultado que deberías haber obtenido.

 

Sección 2: Serie temporal de NDVI anual: escala interanual

Este flujo de trabajo está también explicado en este vídeo. La idea es generar una gráfica que muestre los valores máximos anuales de NDVI en cada píxel. Esto nos permitirá conocer cómo cambia el NDVI a lo largo de los 21 años que estamos estudiando. Veremos el impacto de las sequías o de los incendios forestales, por ejemplo. A lo largo de la sección verás una explicación de la función que queremos realizar y luego unas líneas de código que la ejecutan. Debes de leer el texto explicativo, tratar de entenderlo y luego ejecutar una a una las líneas de código que hay debajo.

Seguiremos los siguientes pasos:

  1. Si no has hecho la sección anterior debes realizar los dos pasos que hay al final de la sección denominada: secuencia de acciones a realizar
  2. Abre Rstudio
  3. Dale al botón archivo y crear nuevo archivo de R.
  4. Guarda el archivo de R en tu directorio de trabajo. Ahora iremos pegando en ese archivo las líneas de código siguientes:
  5. Primero establecemos el directorio de trabajo. Sustituye lo que hay entre comillas por tu ruta. Para acceder a la ruta, usa tu explorador de archivos, ponte sobre la barra de navegación, botón derecho y copiar ruta en modo texto. Ten en cuenta que en windows, cuando copies la ruta de la carpeta, pondrá las barras hacia la izquierda (así: ). Tienes que cambiarlas a mano y ponerlas hacia la derehca (así: /). Copia en R el texto inferior y luego ejecuta con el botón etiqutado con "Run" (Run the current line or selection). Procede así con todas las líneas de código que hay en este guión.
  1. Ahora instalamos y cargamos una serie de paquetes que necesitamos para trabajar. Los paquetes de R son conjuntos de funcionalidades que no están en el software original y que permiten hacer cosas nuevas. En nuestro caso estos paquetes nos permiten trabajar con imágenes raster y también hacer un análisis estadístico concreto.
  1. Crea una pila de archivos que contiene todos los archivos con extensión .tiff que estén en tu carpeta de trabajo.

    • Primero creamos una lista con los nombres de todos los archivos con extensión tif que hay en tu carpeta de trabajo. Ten cuidado porque si has cargado antes los archivos .tif en QGIS es posible que se hayan creado otros archivos con extensión .tif.xml. Estos archivos también serán seleccionados por la función list.files que se describe más abajo. Borra o mueve todos los archivos con tiff en el nombre que no sean los que corresponden a las imágenes de NDVI máximo anual.
    • Si al ejecutar la línea en la que creamos el objeto lista_imagenes obtienes un archivo con valor NULL en R tienes que hacer lo siguiente: cambia las comillas simples de la línea de código que empieza por "lista_imagenes" por comillas dobles (las que hay en la tecla 2). Además, borra el asterisco que hay en dicha línea de código. Luego ejecuta la línea de nuevo. Deberás obtener el objeto lista_imagenes pero ahora contendrá varios elementos (21 es lo que debe de tener). Esto se debe a que en algunas versiones de Windows R no entiende bien las comillas simples.
    • Luego usamos la función slack para crear una pila de archivos con los tif anteriores. Se crea un tipo de objeto llamado RasterStack. Es una colección de capas raster que tienen la misma extensión y resolución espacial.
    • Después, usamos la función Brick. Un Brick es una capa multibanda. Es similar al stack anterior, pero se procesa más rápidamente en la memoria.
    • La función plot permite representar gráficamente cada una de las bandas contenidas en el objeto creado anteriormente.
    • Finalmente exportamos el archivo resultante a una imagen .tif. Usaremos esta imagen multibanda para crear gráficas de las series temporales de NDVI de cada punto en QGIS.

  1. Volvemos a QGIS y cargamos la capa que acabamos de crear (ndvi_2000_2020.tif). Contiene una banda por año. Y cada banda muestra el valor máximo de NDVI de ese año. Usaremos esta capa para construir automáticamente gráficas con las series temporales de cada píxel.
  2. Si no has conseguido que RStudio haga lo que necesitamos, no te preocupes, aquí tienes la imagen con todas las bandas correspondientes a los años de nuestra serie temporal.
  3. Instala un plugin (o complemento en castellano) llamado "Temporal/Spectral profile tool". Menu plugins->Manage and install plugins. La instalación creará un nuevo botón que representa un gráfico rojo.
  4. Selecciona la capa ndvi_2000_2021 en QGIS.
  5. Haz click en el botón del plugin que acabas de instalar.
  6. Haz click en la pestaña settings que sale abajo y selecciona la opción "Time" del desplegable que hay bajo "X-axis steps". Vamos a hacer que en el eje X de la gráfica aparezcan los años. Pon 2000 en el año de inicio (Time frame start). Luego cambia en el desplegable el "time size frame" y selecciona "year". Esto solo funciona en las versiones recientes de QGIS, no en la que usamos nosotros (2.16). En el caso de la versión 2.6 hacemos lo siguiente: en la pestaña settings selecciona la opción "string". Allí debes de teclear cada año separado por punto y coma, así: 2000;2001;2002;2003;2004;2005;2006;2007;2008;2009;2010;2011;2012;2013;2014;2015;2016;2017;2018;2019;2020
  7. Haz click en cualquier punto del mapa para que se muestre una imagen como la que ves a continuación.

 

graph

 

Sección 3: Cuantificación de la tendencia en la serie de NDVI anual: escala interanual

En las gráficas anteriores vemos cómo en algunos píxeles hay una tendencia hacia más NDVI y en otros hacia menos. Esto puede deberse a varios factores ambientales: incendios (caídas bruscas del NDVI), tratamientos forestales de reducción de la densidad (caídas de NDVI) o regeneración natural de la vegetación (aumento sostenido del NDVI). Es posible cuantificar esta tendencia usando un test estadístico llamado Mann Kendall. Este test analiza los valores anuales de NDVI y cuantifica si se ajusta a una línea ascendente o descendente. Si la tendencia es hacia más NDVI, el valor del test será positivo (como máximo de 1). Si la tendencia es negativa, el test arrojará un valor número negativo (mínimo de -1). Procederemos de la siguiente forma:

  1. Para completar esta sección debes de hacer también la anterior.
  2. Volvemos a Rstudio.
  3. Ejecutamos un test estadístico llamado Mann Kendall sobre todas las bandas del objeto multicapa creado anteriormente. Este test permite analizar la evolución temporal de una serie de datos identificando si la tendencia es ascentente o descendente. Es un test no paramétrico, así que puede usarse en todas las distribuciones de datos. Para hacer esto pega el siguiente código en RStudio:
  4. "Encapsulamos" el test estadístico Mann Kendall en una funciónde R fun_k.
  1. Luego creamos un nuevo objeto llamado kendal_result que contiene el resultado de aplicar la función Kendall al conjunto de datos (ndvis). El resultado es otro objeto espacial que contiene cinco bandas. Solo prestaremos atención a las siguientes:
  1. Finalmente exportamos la banda tau a una imagen llamada tau.tif. Si el comando que hay a continuación te da un error, intenta a sustituir "tau" por "layer.1" después del símbolo $. Pero no pongas las comillas.
  1. Ahora cargamos la capa recién creada (tau.tif) en QGIS. Esta capa contiene los valores de tendencias de NDVI para cada píxel. Una vez cargada hacemos doble click sobre la misma y la representamos usando el método de singleband pseudocolor y la paleta spectral. Ajusta el valor máximo a 0.99 y haz click en "elimina valores fuera de rango". Por último, le asignamos un grado de transparencia del 50%. Ahora podemos ver la tendencia de manera muy atractiva: los píxeles donde hay tendencia hacia más NDVI tienen colores verdes. Los que tienen tendencia hacia menos NDVI se muestran en rojo.
  2. Si no has conseguido que RStudio haga lo que necesitamos, no te preocupes, aquí tienes la capa tau con la tendencia de NDVI para cada píxel.
  3. Selecciona en QGIS la capa que hemos usado en el bloque anterior (ndvi_2000_2020). Haz click en cualquier parte del mapa y verás la gráfica de los valores máximos de NDVI en ese punto.

 

Sección 4: Estacionalidad en el NDVI: escala intraanual

En esta última parte de la práctica cambiaremos de escala. Ahora, en lugar de analizar los valores de NDVI de cada año, usaremos los valores promedios de cada mes de un año concreto: 2000. Así, obtendremos una gráfica que muestra la estacionalidad (cambios de la producción primaria a lo largo del año). Procederemos de la siguiente manera:

  1. Descarga esta (ndvi_2000_mensual.tif) imagen y cárgala en QGIS. Verás que QGIS la representa con una gama de colores muy peculiar. Eso se debe a que tiene muchas bandas. Concretamente 12. Una por mes. La banda 1 es enero, la 2, febrero y así sucesivamente. En cada banda hay información del valor máximo de NDVI en cada píxel para el mes en cuestión. También es posible que, dependiendo de la versión de QGIS que estés utilizando, se represente esta capa como totalmente en blanco. No te preocupes si ocurre eso. Todo está bien.
  2. Selecciona la capa ndvi_2000_mensual.tif en QGIS.
  3. Haz click en el botón del plugin que hemos usado antes para generar la gráfica de toda la serie temporal. Dale al botón "add layer" para añadir a la herramienta la capa que queremos.
  4. Haz click en la pestaña settings que sale abajo y selecciona la opción "Time" del desplegable que hay bajo "X-axis steps". Vamos a hacer que en el eje X de la gráfica aparezcan los meses. Pon 2000 en el año de inicio (Time frame start). Luego cambia en el desplegable el "time size frame" y selecciona "mes". Esto solo funciona en las versiones recientes de QGIS, no en la que usamos nosotros (2.16). En el caso de la versión 2.6 hacemos lo siguiente: en la pestaña settings selecciona la opción "string". Allí debes de teclear cada mes separado por punto y coma, así: 1;2;3; etc.
  5. Haz click en cualquier parte del mapa y verás una gráfica de la distribución estacional del NDVI en el año 2000.

 

Salvavidas

Si no has conseguido hacer lo que se describe en el guión, no te preocupes. Aquí puedes descargar un zip con toda la información que necesitas para la discusión ecológica. Dicho zip contiene la siguiente información:

Si has concluido todo con éxito, recibe mis felicitaciones :) Para seguir necesitas la capa vectorial que contiene los lugares que "visitaremos" en la siguiente sección. Descárgala aquí y ponla en el proyecto con el que has estado trabajando en toda la clase.

También puede ser que no te haya dado tiempo a terminar la práctica en clase y que no tengas ordenador con el software necesario en casa. En ese caso puedes usar los escritorios virtuales de la UCO (que ya funcionan de nuevo). Puedes acceder a dichos escritorios en esta URL. Sigue las instrucciones que te dan en la página anterior.

 

Discusión

Una vez obtenidos los resultados, los analizaremos usando para ello el conocimiento ya adquirido sobre el concepto de producción primaria.

"Iremos" a varios lugares de Sierra Nevada y aprenderemos algo del funcionamiento de sus ecosistemas forestales mediante el análisis de toda la información anterior.

Verás que cada polígono de la capa de zonas de interés tiene un número. Cada uno nos permite identificar distintos elementos interesantes a las tres escalas de trabajo que hemos experimentado:

Ejercicio

Para esta práctica tienes que completar un ejercicio parecido a lo que hemos hecho en la discusión que hay más arriba. Descarga este fichero de formas y despliégalo en el proyecto que ya tienes elaborado. Verás que solo contiene un polígono. Acércate a dicho polígono y trata de construir una historia que explique el comportamiento de ese ecosistema en los últimos 21 años. Para ello deberás utilizar la información de las imágenes de satélite que hemos elaborado y también las ortofotos de distintas fechas.

A modo de guía, puedes reflexionar sobre las siguientes preguntas:

Plasma tu "historia" en un documento de texto que contenga también imágenes con las gráficas que generes y también los mapas que consideres oportunos. Recuerda que puedes usar las ortofotos de distintas fechas para analizar si el cambio en el funcionamiento está alineado o no con los cambios ena estructura.

La imagen siguiente muestra en 3D el aspecto de la zona propuesta:

ejercicio

Sube tu ejercicio (en formato word o similar) a este enlace de Turnitin. Será evaluado siguiendo los siguientes criterios:

 

No entregaInsuficienteAceptableBienBuen trabajoExcelente
Manejo herramientas. Se evalúa tu manejo de las herramientas informáticas que hemos usado en la práctica. Esto se hace en función de la calidad de la información que aportas."No entrega nada o es incomprensible.Las gráficas y mapas que aportas son manifiestamente mejorablesLos mapas y gráficas son significativos, pero están a una escala insuficiente o no muestran bien los procesos ecológicos descritos.Buena composición de los mapas y gráficas.Has maquetado de manera muy elegante el material suministrado. Los mapas tienen su escala y la gama de colores es explicativa.
Historia eoclógica. Se evalua si has contestado de manera razonada a la pregunta sobre la historia de la zona propuesta. No se trata de que aciertes o no, sino de que lo que cuentas sea plausible."No entrega nada o es incomprensible.Tu respuesta no tiene ningún sentido ecológico.Has aportado una respuesta pobremente justificada. Tus argumentos no se sostienen.Además de responder de manera lógica, has sustentado tus argumentos con conceptos ecológicos.Has conectado la pregunta con otros conceptos que hemos visto en la asignatura. Muestras gran capacidad de transferir conocimiento de un ámbito a otro.
Legibilidad. Hace referencia a lo bien escrito que está el texto y a su legibilidad"No entrega nada o es incomprensible.Apenas entiendo lo que has escritoHe tenido que reinterpretar casi cada frase para entenderloSe entiende bien todo, pero el texto no es fluidoMuy buena redacción. La lectura fluye fácilmente, cual novela.

 

 

Evaluación de la sesión según los estudiantes

Aquí puedes ver los resultados que, por ahora, arroja esta encuesta sobre grado de satisfacción de los objetivos planteados. Por favor, rellénala si no lo has hecho ya. Se tardan 10 segundos y sus resultados son de gran utilidad para mejorar los contenidos cada año. Gracias.

 

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Además, algunos estudiantes hicieron los siguientes comentarios: