Analysis of cant estimates

workflowr

• Summary
• Checks
• Past versions

Last updated: 2021-06-24

Checks: 7 0

Knit directory: emlr_obs_v_XXX/

This reproducible R Markdown analysis was created with workflowr (version 1.6.2). The Checks tab describes the reproducibility checks that were applied when the results were created. The Past versions tab lists the development history.

---

R Markdown file: up-to-date

Great! Since the R Markdown file has been committed to the Git repository, you know the exact version of the code that produced these results.

Environment: empty

Great job! The global environment was empty. Objects defined in the global environment can affect the analysis in your R Markdown file in unknown ways. For reproduciblity it’s best to always run the code in an empty environment.

Seed: set.seed(20200707)

The command set.seed(20200707) was run prior to running the code in the R Markdown file. Setting a seed ensures that any results that rely on randomness, e.g. subsampling or permutations, are reproducible.

Session information: recorded

Great job! Recording the operating system, R version, and package versions is critical for reproducibility.

Cache: none

Nice! There were no cached chunks for this analysis, so you can be confident that you successfully produced the results during this run.

File paths: relative

Great job! Using relative paths to the files within your workflowr project makes it easier to run your code on other machines.

Repository version: 79ecdc5

Great! You are using Git for version control. Tracking code development and connecting the code version to the results is critical for reproducibility.

The results in this page were generated with repository version 79ecdc5. See the Past versions tab to see a history of the changes made to the R Markdown and HTML files.

Note that you need to be careful to ensure that all relevant files for the analysis have been committed to Git prior to generating the results (you can use wflow_publish or wflow_git_commit). workflowr only checks the R Markdown file, but you know if there are other scripts or data files that it depends on. Below is the status of the Git repository when the results were generated:

Ignored files:
    Ignored:    .Rhistory
    Ignored:    .Rproj.user/

Note that any generated files, e.g. HTML, png, CSS, etc., are not included in this status report because it is ok for generated content to have uncommitted changes.

---

These are the previous versions of the repository in which changes were made to the R Markdown (analysis/analysis_slab_inventory.Rmd) and HTML (docs/analysis_slab_inventory.html) files. If you’ve configured a remote Git repository (see ?wflow_git_remote), click on the hyperlinks in the table below to view the files as they were in that past version.

File	Version	Author	Date	Message
Rmd	79ecdc5	jens-daniel-mueller	2021-06-24	add observation grid to map
html	aedd245	jens-daniel-mueller	2021-06-23	Build site.
Rmd	31bffa7	jens-daniel-mueller	2021-06-23	revised slab bias and write files
html	f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23	Build site.
Rmd	3d3bfd4	jens-daniel-mueller	2021-06-23	plotted slab bias
html	3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18	Build site.
html	3052a6c	jens-daniel-mueller	2021-06-15	Build site.
html	3cb64bd	jens-daniel-mueller	2021-06-15	Build site.
html	c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14	Build site.
html	48c73fc	jens-daniel-mueller	2021-06-14	Build site.
html	439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11	Build site.
html	33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10	Build site.
html	7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10	Build site.
html	2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10	added zonal mean section control plots
html	69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08	Build site.
html	1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07	Build site.
html	594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04	Build site.
html	db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04	rebuild without overlapping eras
html	2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04	Build site.
html	207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03	Build site.
html	315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03	include anomalous changes
html	be90356	jens-daniel-mueller	2021-06-02	Build site.
Rmd	12eeaa6	jens-daniel-mueller	2021-06-02	test run with beta version of GLODAPv2.2021
html	d37a85d	jens-daniel-mueller	2021-05-31	Build site.
html	4b7a5ee	jens-daniel-mueller	2021-05-28	Build site.
html	12b455a	jens-daniel-mueller	2021-05-27	Build site.
Rmd	ee13efb	jens-daniel-mueller	2021-05-27	optional source of local params fully implemented
html	8c736a6	jens-daniel-mueller	2021-05-27	Build site.
Rmd	dc8e4e1	jens-daniel-mueller	2021-05-27	optional source of local params implemented
html	25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26	Build site.
html	b79cb2d	jens-daniel-mueller	2021-05-20	Build site.
html	62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20	Build site.
html	7c56c39	jens-daniel-mueller	2021-05-19	Build site.
html	0de759e	jens-daniel-mueller	2021-05-13	Build site.
html	52e7583	jens-daniel-mueller	2021-05-12	Build site.
html	969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12	Build site.
html	d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16	Build site.
html	c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16	Build site.
html	50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16	overlapping eras
html	a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16	Build site.
html	b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16	Build site.
html	81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16	Build site.
html	0a6099c	jens-daniel-mueller	2021-04-16	Build site.
html	ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15	Build site.
html	29edae5	jens-daniel-mueller	2021-04-14	Build site.
html	099d566	jens-daniel-mueller	2021-04-14	Build site.
html	bb44686	jens-daniel-mueller	2021-04-14	Build site.
html	bf40480	jens-daniel-mueller	2021-04-13	Build site.
html	9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13	Build site.
html	ce38853	jens-daniel-mueller	2021-04-13	Build site.
Rmd	beaec17	jens-daniel-mueller	2021-04-13	included model data
html	c98be84	jens-daniel-mueller	2021-04-13	Build site.
html	338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09	Build site.
html	a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09	included model data
html	7831fd3	jens-daniel-mueller	2021-04-09	Build site.
html	20b26d4	jens-daniel-mueller	2021-04-08	Build site.
html	c0895f8	jens-daniel-mueller	2021-04-07	Build site.
html	4a05c7d	jens-daniel-mueller	2021-04-07	Build site.
Rmd	f5991e5	jens-daniel-mueller	2021-04-07	included model data
html	e06bfa6	jens-daniel-mueller	2021-04-07	Build site.
Rmd	fbf3ef9	jens-daniel-mueller	2021-04-07	included model data
html	488c4c1	jens-daniel-mueller	2021-04-07	Build site.
Rmd	36eab46	jens-daniel-mueller	2021-04-07	included model data

---

1 Version ID

The results displayed on this site correspond to the Version_ID: v_XXX

2 Data sources

Cant estimates from this sensitivity case:

• Mean and SD per grid cell (lat, lon, depth)
• Zonal mean and SD (basin, lat, depth)
• Inventories (lat, lon)

cant_3d <-
  read_csv(paste(path_version_data,
                 "cant_3d.csv",
                 sep = ""))

cant_3d_mod_truth <-
  read_csv(paste(path_version_data,
                 "cant_3d_mod_truth.csv",
                 sep = ""))

cant_3d <- bind_rows(cant_3d,
                     cant_3d_mod_truth)

Cleaned GLODAPv2_2020 file as used in this sensitivity case

GLODAP <-
  read_csv(paste(
    path_version_data,
    "GLODAPv2.2020_MLR_fitting_ready.csv",
    sep = ""
  ))

GLODAP_grid <- GLODAP %>% 
  distinct(lon, lat, gamma_slab)

cant_gamma_maps <- m_cant_slab_data_source(cant_3d)

cant_gamma_maps <- cant_gamma_maps %>% 
  arrange(gamma_slab, data_source)

3 Cant - positive

In a first series of plots we explore the distribution of Cant, taking only positive estimates into account (positive here refers to the mean cant estimate across MLR model predictions available for each grid cell). Negative values were set to zero before calculating mean sections and inventories.

Mean of positive cant within each horizontal grid cell (lon x lat) per isoneutral slab.

Please note that:

• density slabs covering values >28.1 occur by definition only either in the Atlantic or Indo-Pacific basin
• gaps in the maps represent areas where (thin) density layers fit between discrete depth levels used for mapping

cant_gamma_maps %>%
  group_split(gamma_slab, data_source) %>%
  # head(1) %>%
  map(
    ~ p_map_cant_slab(
      df = .x,
      subtitle_text = paste(
        "data_source:",
        unique(.x$data_source),
        "| Neutral density:",
        unique(.x$gamma_slab)
      )
    ) +
      geom_raster(data = GLODAP_grid %>% filter(gamma_slab == unique(.x$gamma_slab)),
                  aes(lon, lat),
                  fill="grey70")
  )

[[1]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-1.png

Version	Author	Date
3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11
33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04
207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
be90356	jens-daniel-mueller	2021-06-02
d37a85d	jens-daniel-mueller	2021-05-31
4b7a5ee	jens-daniel-mueller	2021-05-28
25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26
62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20
7c56c39	jens-daniel-mueller	2021-05-19
52e7583	jens-daniel-mueller	2021-05-12
969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16
c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16
50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16
a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16
b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16
ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15
29edae5	jens-daniel-mueller	2021-04-14
099d566	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bb44686	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bf40480	jens-daniel-mueller	2021-04-13
9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
20b26d4	jens-daniel-mueller	2021-04-08
488c4c1	jens-daniel-mueller	2021-04-07

[[2]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-2.png

Version	Author	Date
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16
c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16
50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16
a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16
b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15
29edae5	jens-daniel-mueller	2021-04-14
9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
ce38853	jens-daniel-mueller	2021-04-13
338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
20b26d4	jens-daniel-mueller	2021-04-08
e06bfa6	jens-daniel-mueller	2021-04-07
488c4c1	jens-daniel-mueller	2021-04-07

[[3]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-3.png

Version	Author	Date
3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11
33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04
207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
d37a85d	jens-daniel-mueller	2021-05-31
4b7a5ee	jens-daniel-mueller	2021-05-28
25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26
62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20
7c56c39	jens-daniel-mueller	2021-05-19
52e7583	jens-daniel-mueller	2021-05-12
969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16
c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16
50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16
a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16
b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16
ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15
29edae5	jens-daniel-mueller	2021-04-14
099d566	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bb44686	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bf40480	jens-daniel-mueller	2021-04-13
9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
ce38853	jens-daniel-mueller	2021-04-13
338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
20b26d4	jens-daniel-mueller	2021-04-08
e06bfa6	jens-daniel-mueller	2021-04-07
488c4c1	jens-daniel-mueller	2021-04-07

[[4]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-4.png

Version	Author	Date
3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11
33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04
207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
be90356	jens-daniel-mueller	2021-06-02
d37a85d	jens-daniel-mueller	2021-05-31
4b7a5ee	jens-daniel-mueller	2021-05-28
25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26
62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20
7c56c39	jens-daniel-mueller	2021-05-19
52e7583	jens-daniel-mueller	2021-05-12
969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16
c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16
50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16
a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16
b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16
ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15
29edae5	jens-daniel-mueller	2021-04-14
099d566	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bb44686	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bf40480	jens-daniel-mueller	2021-04-13
9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
ce38853	jens-daniel-mueller	2021-04-13
338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
20b26d4	jens-daniel-mueller	2021-04-08
e06bfa6	jens-daniel-mueller	2021-04-07
488c4c1	jens-daniel-mueller	2021-04-07

[[5]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-5.png

Version	Author	Date
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16
c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16
50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16
a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16
b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15
29edae5	jens-daniel-mueller	2021-04-14
9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
ce38853	jens-daniel-mueller	2021-04-13
338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
20b26d4	jens-daniel-mueller	2021-04-08
e06bfa6	jens-daniel-mueller	2021-04-07
488c4c1	jens-daniel-mueller	2021-04-07

[[6]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-6.png

Version	Author	Date
3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11
33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-45.png

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-49.png

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[[51]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-51.png

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-52.png

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[[53]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps-53.png

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62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20
7c56c39	jens-daniel-mueller	2021-05-19

3.1 Bias

cant_pos_slab_inv_bias <- cant_gamma_maps %>% 
  select(lat, lon, gamma_slab, cant_pos, data_source) %>% 
  pivot_wider(names_from = data_source,
              values_from = cant_pos) %>% 
  mutate(cant_pos_bias = mod - mod_truth)

cant_pos_slab_inv_bias %>%
  group_split(gamma_slab) %>%
  # head(1) %>%
  map(
    ~ p_map_cant_slab(
      df = .x,
      var = "cant_pos_bias",
      col = "divergent",
      subtitle_text = paste("| Neutral density:", unique(.x$gamma_slab))
    ) +
      geom_raster(
        data = GLODAP_grid %>% filter(gamma_slab == unique(.x$gamma_slab)),
        aes(lon, lat),
        fill = "grey30"
      )
  )

[[1]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-1.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[2]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-2.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[3]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-3.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[4]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-4.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[5]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-5.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[6]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-6.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[7]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-7.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-8.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-9.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-10.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-11.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-12.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-13.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-14.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-15.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[16]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-16.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[17]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-17.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

[[18]]

Past versions of cant_pos_gamma_slab_maps_bias-18.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

i_gamma_slab <- unique(cant_3d$gamma_slab)[2]
i_data_source <- unique(cant_3d$data_source)[2]

map +
  geom_contour_filled(
    data = cant_gamma_maps %>%
      filter(data_source == i_data_source,
             gamma_slab == i_gamma_slab),
    aes(lon, lat, z = cant)
  ) +
  scale_fill_viridis_d()

4 Cant - all

In a second series of plots we explore the distribution of all Cant, taking positive and negative estimates into account.

Mean of all Cant within each horizontal grid cell (lon x lat) per isoneutral slab.

Please note that:

• density slabs covering values >28.1 occur by definition only either in the Atlantic or Indo-Pacific basin
• gaps in the maps represent areas where (thin) density layers fit between discrete depth levels used for mapping

cant_gamma_maps %>%
  group_split(gamma_slab, data_source) %>%
  map(
    ~ p_map_cant_slab(
      df = .x,
      var = "cant",
      col = "divergent",
      subtitle_text = paste(
        "data_source:",
        unique(.x$data_source),
        "| Neutral density:",
        unique(.x$gamma_slab)
      )
    ) +
      geom_raster(
        data = GLODAP_grid %>% filter(gamma_slab == unique(.x$gamma_slab)),
        aes(lon, lat),
        fill = "grey70"
      )
  )

[[1]]

Past versions of cant_all_gamma_slab_maps-1.png

Version	Author	Date
3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11
33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04
207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
be90356	jens-daniel-mueller	2021-06-02
d37a85d	jens-daniel-mueller	2021-05-31
4b7a5ee	jens-daniel-mueller	2021-05-28
25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26
62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20
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338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
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488c4c1	jens-daniel-mueller	2021-04-07

[[2]]

Past versions of cant_all_gamma_slab_maps-2.png

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315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
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[[52]]

Past versions of cant_all_gamma_slab_maps-52.png

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2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
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Past versions of cant_all_gamma_slab_maps-53.png

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c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
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594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
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207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
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4.1 Bias

cant_slab_inv_bias <- cant_gamma_maps %>% 
  select(lat, lon, gamma_slab, cant, data_source) %>% 
  pivot_wider(names_from = data_source,
              values_from = cant) %>% 
  mutate(cant_bias = mod - mod_truth)


cant_slab_inv_bias %>%
  group_split(gamma_slab) %>%
  # head(1) %>%
  map(
    ~ p_map_cant_slab(
      df = .x,
      var = "cant_bias",
      col = "divergent",
      subtitle_text = paste("| Neutral density:", unique(.x$gamma_slab))
    ) +
      geom_raster(
        data = GLODAP_grid %>% filter(gamma_slab == unique(.x$gamma_slab)),
        aes(lon, lat),
        fill = "grey30"
      )
  )

[[1]]

Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-1.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-2.png

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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-3.png

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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-4.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-5.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-6.png

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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-7.png

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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-8.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-9.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-10.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-11.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-12.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-13.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-14.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-15.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-16.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-17.png

Version	Author	Date
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Past versions of cant_gamma_slab_maps_bias-18.png

Version	Author	Date
f09cab9	jens-daniel-mueller	2021-06-23

5 Slab inventories

cant_slab_budget <- m_cant_slab_inv_data_source(cant_3d)

cant_slab_budget %>% 
  ggplot(aes(data_source, cant_pos_total, fill = gamma_slab)) +
  geom_col() +
  scale_fill_viridis_d(direction = -1) +
  facet_wrap(~ basin_AIP)

Past versions of calc_slab_inventory-1.png

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3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11
33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
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2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04
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25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26
62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20
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52e7583	jens-daniel-mueller	2021-05-12
969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
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b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16
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bb44686	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bf40480	jens-daniel-mueller	2021-04-13
9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
ce38853	jens-daniel-mueller	2021-04-13

cant_slab_budget %>% 
  ggplot(aes(data_source, cant_total, fill = gamma_slab)) +
  geom_hline(yintercept = 0, col = "red") +
  geom_col() +
  scale_fill_viridis_d(direction = -1) +
  facet_wrap(~ basin_AIP)

Past versions of calc_slab_inventory-2.png

Version	Author	Date
aedd245	jens-daniel-mueller	2021-06-23
3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
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33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
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be90356	jens-daniel-mueller	2021-06-02
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969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16
c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16
50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16
a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16
b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16
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9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
ce38853	jens-daniel-mueller	2021-04-13

cant_slab_budget_bias <- cant_slab_budget %>%
  filter(data_source %in% c("mod", "mod_truth")) %>%
  select(basin_AIP, data_source, gamma_slab, cant_pos_total) %>%
  pivot_wider(names_from = data_source,
              values_from = cant_pos_total) %>%
  mutate(cant_pos_bias = mod - mod_truth)

cant_slab_budget_bias %>% 
  ggplot(aes(gamma_slab, cant_pos_bias)) +
  geom_col() +
  facet_grid(basin_AIP ~ ., scales = "free_y") +
  coord_flip()

Past versions of cant_pos_slab_inv_bias-1.png

Version	Author	Date
aedd245	jens-daniel-mueller	2021-06-23

cant_slab_budget_bias <- cant_slab_budget %>%
  filter(data_source %in% c("mod", "mod_truth")) %>%
  select(basin_AIP, data_source, gamma_slab, cant_total) %>%
  pivot_wider(names_from = data_source,
              values_from = cant_total) %>%
  mutate(cant_bias = mod - mod_truth)

cant_slab_budget_bias %>% 
  ggplot(aes(gamma_slab, cant_bias)) +
  geom_col() +
  facet_grid(basin_AIP ~ ., scales = "free_y") +
  coord_flip()

Past versions of cant_slab_budget_bias-1.png

Version	Author	Date
aedd245	jens-daniel-mueller	2021-06-23

6 Write files

cant_slab_budget_bias %>%
  write_csv(paste0(path_version_data,
                   "cant_slab_budget_bias.csv"))

cant_slab_budget %>%
  write_csv(paste0(path_version_data,
                   "cant_slab_budget.csv"))

cant_slab_inv_bias %>%
  write_csv(paste0(path_version_data,
                   "cant_slab_inv_bias.csv"))

cant_pos_slab_inv_bias %>%
  write_csv(paste0(path_version_data,
                   "cant_slab_inv_bias_pos.csv"))

7 Slab boundary depth

# gamma field in Atl
predictors_gamma_Atl <- cant_3d %>%
  select(data_source, basin_AIP, lat, lon, depth, gamma) %>% 
  filter(basin_AIP == "Atlantic") %>% 
  distinct()

# filter grid cells with at least two depth layers
predictors_gamma_Atl <- predictors_gamma_Atl %>%
  group_by(data_source, lat, lon) %>%
  mutate(n = n()) %>%
  ungroup() %>% 
  filter(n > 1) %>% 
  select(-n)

# 3D grid with Atl slab boundaries
slabs_Atl <- expand_grid(predictors_gamma_Atl %>% distinct(data_source, lat, lon),
                         gamma = params_local$slabs_Atl) %>% 
  mutate(basin_AIP = "flag")

# join slab boundary grid with gamma field
slabs_Atl_int <- full_join(slabs_Atl,
                           predictors_gamma_Atl) %>%
  arrange(lat, lon, gamma)

# interpolate depth to slab boundary
slabs_Atl_int <- slabs_Atl_int %>% 
  group_by(data_source, lat, lon) %>% 
  mutate(depth = approxfun(gamma, depth, rule = 1)(gamma)) %>% 
  ungroup()

# filter interpolated depths
slabs_Atl_int <- slabs_Atl_int %>% 
  filter(basin_AIP == "flag",
         !is.na(depth))

#### Indo-Pacific

# gamma field in Pac
predictors_gamma_Ind_Pac <- cant_3d %>%
  select(data_source, basin_AIP, lat, lon, depth, gamma) %>% 
  filter(basin_AIP %in% c("Indian", "Pacific")) %>% 
  distinct()

# filter grid cells with at least two depth layers
predictors_gamma_Ind_Pac <- predictors_gamma_Ind_Pac %>%
  group_by(data_source, lat, lon) %>%
  mutate(n = n()) %>%
  ungroup() %>% 
  filter(n > 1) %>% 
  select(-n)

# 3D grid with Pac slab boundaries
slabs_Ind_Pac <- expand_grid(predictors_gamma_Ind_Pac %>% distinct(data_source, lat, lon),
                         gamma = params_local$slabs_Ind_Pac) %>% 
  mutate(basin_AIP = "flag")

# join slab boundary grid with gamma field
slabs_Ind_Pac_int <- full_join(slabs_Ind_Pac,
                           predictors_gamma_Ind_Pac) %>%
  arrange(lat, lon, gamma)

# interpolate depth to slab boundary
slabs_Ind_Pac_int <- slabs_Ind_Pac_int %>% 
  group_by(data_source, lat, lon) %>% 
  mutate(depth = approxfun(gamma, depth, rule = 1)(gamma)) %>% 
  ungroup()

# filter interpolated depths
slabs_Ind_Pac_int <- slabs_Ind_Pac_int %>% 
  filter(basin_AIP == "flag",
         !is.na(depth))


# join interpolated gamma depth
slabs <- bind_rows(slabs_Atl_int,
                   slabs_Ind_Pac_int) %>%
  select(-basin_AIP)

slabs <- inner_join(
  basinmask %>% select(lat, lon, basin_AIP) %>% distinct(),
  slabs)


map + 
  geom_raster(data = slabs,
              aes(lon, lat, fill = depth)) +
  facet_grid(gamma ~ data_source) +
  scale_fill_viridis_c(direction = -1)

rm(slabs_Atl, slabs_Atl_int, slabs_Ind_Pac, slabs_Ind_Pac_int)

# slabs_ex <- slabs %>% 
#   filter(lat == 0.5,
#          lon == 250.5)

slabs <- slabs %>% 
  group_by(data_source, lat, lon) %>% 
  arrange(depth) %>% 
  mutate(depth_lower_bound = depth,
         depth_upper_bound = lag(depth, default = 0),
         slab_thickness = depth_lower_bound - depth_upper_bound,
         gamma_in_slab = gamma - 0.01) %>% 
  ungroup()

slabs <- m_cut_gamma(slabs, "gamma_in_slab")

map + 
  geom_raster(data = slabs,
              aes(lon, lat, fill = slab_thickness)) +
  facet_grid(gamma_slab ~ data_source) +
  scale_fill_viridis_c(direction = -1)

rm(slabs)

Session information

sessionInfo()

R version 4.0.3 (2020-10-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: openSUSE Leap 15.2

Matrix products: default
BLAS:   /usr/local/R-4.0.3/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /usr/local/R-4.0.3/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] gt_0.2.2         kableExtra_1.3.1 marelac_2.1.10   shape_1.4.5     
 [5] scales_1.1.1     metR_0.9.0       scico_1.2.0      patchwork_1.1.1 
 [9] collapse_1.5.0   forcats_0.5.0    stringr_1.4.0    dplyr_1.0.5     
[13] purrr_0.3.4      readr_1.4.0      tidyr_1.1.2      tibble_3.0.4    
[17] ggplot2_3.3.3    tidyverse_1.3.0  workflowr_1.6.2 

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] fs_1.5.0                 lubridate_1.7.9          gsw_1.0-5               
 [4] webshot_0.5.2            httr_1.4.2               rprojroot_2.0.2         
 [7] tools_4.0.3              backports_1.1.10         R6_2.5.0                
[10] DBI_1.1.0                colorspace_1.4-1         withr_2.3.0             
[13] tidyselect_1.1.0         compiler_4.0.3           git2r_0.27.1            
[16] cli_2.1.0                rvest_0.3.6              xml2_1.3.2              
[19] labeling_0.4.2           checkmate_2.0.0          digest_0.6.27           
[22] rmarkdown_2.5            oce_1.2-0                pkgconfig_2.0.3         
[25] htmltools_0.5.0          dbplyr_1.4.4             rlang_0.4.10            
[28] readxl_1.3.1             rstudioapi_0.11          generics_0.0.2          
[31] farver_2.0.3             jsonlite_1.7.1           magrittr_1.5            
[34] Matrix_1.2-18            Rcpp_1.0.5               munsell_0.5.0           
[37] fansi_0.4.1              lifecycle_1.0.0          stringi_1.5.3           
[40] whisker_0.4              yaml_2.2.1               grid_4.0.3              
[43] blob_1.2.1               parallel_4.0.3           promises_1.1.1          
[46] crayon_1.3.4             lattice_0.20-41          haven_2.3.1             
[49] hms_0.5.3                seacarb_3.2.14           knitr_1.30              
[52] pillar_1.4.7             reprex_0.3.0             glue_1.4.2              
[55] evaluate_0.14            RcppArmadillo_0.10.1.2.0 data.table_1.13.2       
[58] modelr_0.1.8             vctrs_0.3.5              httpuv_1.5.4            
[61] testthat_2.3.2           cellranger_1.1.0         gtable_0.3.0            
[64] assertthat_0.2.1         xfun_0.18                broom_0.7.5             
[67] RcppEigen_0.3.3.7.0      later_1.1.0.1            viridisLite_0.3.0       
[70] ellipsis_0.3.1           here_0.1