eMLR - model fitting

workflowr

• Summary
• Checks
• Past versions

Last updated: 2022-11-01

Checks: 7 0

Knit directory: emlr_obs_v_XXX/

This reproducible R Markdown analysis was created with workflowr (version 1.7.0). The Checks tab describes the reproducibility checks that were applied when the results were created. The Past versions tab lists the development history.

---

R Markdown file: up-to-date

Great! Since the R Markdown file has been committed to the Git repository, you know the exact version of the code that produced these results.

Environment: empty

Great job! The global environment was empty. Objects defined in the global environment can affect the analysis in your R Markdown file in unknown ways. For reproduciblity it’s best to always run the code in an empty environment.

Seed: set.seed(20200707)

The command set.seed(20200707) was run prior to running the code in the R Markdown file. Setting a seed ensures that any results that rely on randomness, e.g. subsampling or permutations, are reproducible.

Session information: recorded

Great job! Recording the operating system, R version, and package versions is critical for reproducibility.

Cache: none

Nice! There were no cached chunks for this analysis, so you can be confident that you successfully produced the results during this run.

File paths: relative

Great job! Using relative paths to the files within your workflowr project makes it easier to run your code on other machines.

Repository version: 28bd0d6

Great! You are using Git for version control. Tracking code development and connecting the code version to the results is critical for reproducibility.

The results in this page were generated with repository version 28bd0d6. See the Past versions tab to see a history of the changes made to the R Markdown and HTML files.

Note that you need to be careful to ensure that all relevant files for the analysis have been committed to Git prior to generating the results (you can use wflow_publish or wflow_git_commit). workflowr only checks the R Markdown file, but you know if there are other scripts or data files that it depends on. Below is the status of the Git repository when the results were generated:

Ignored files:
    Ignored:    .Rhistory
    Ignored:    .Rproj.user/

Unstaged changes:
    Modified:   code/Workflowr_project_managment.R
    Modified:   data/auxillary/params_local.rds

Note that any generated files, e.g. HTML, png, CSS, etc., are not included in this status report because it is ok for generated content to have uncommitted changes.

---

These are the previous versions of the repository in which changes were made to the R Markdown (analysis/eMLR_model_fitting.Rmd) and HTML (docs/eMLR_model_fitting.html) files. If you’ve configured a remote Git repository (see ?wflow_git_remote), click on the hyperlinks in the table below to view the files as they were in that past version.

File	Version	Author	Date	Message
html	800243c	jens-daniel-mueller	2022-10-28	Build site.
html	4ba3af5	jens-daniel-mueller	2022-10-25	Build site.
html	7b39b3e	jens-daniel-mueller	2022-10-25	Build site.
html	4178577	jens-daniel-mueller	2022-10-24	Build site.
html	28e3163	jens-daniel-mueller	2022-10-24	Build site.
html	e8f1f22	jens-daniel-mueller	2022-10-24	Build site.
html	e99ca0b	jens-daniel-mueller	2022-10-24	Build site.
html	591702e	jens-daniel-mueller	2022-10-24	Build site.
html	0f27b68	jens-daniel-mueller	2022-10-18	Build site.
html	a4c6d61	jens-daniel-mueller	2022-10-18	Build site.
html	12cb319	jens-daniel-mueller	2022-09-26	Build site.
html	b9e8577	jens-daniel-mueller	2022-09-26	Build site.
html	8ed04b2	jens-daniel-mueller	2022-09-26	Build site.
html	7761704	jens-daniel-mueller	2022-09-26	Build site.
html	d27bc18	jens-daniel-mueller	2022-07-21	Build site.
html	5ed1b6b	jens-daniel-mueller	2022-07-19	Build site.
html	233fa96	jens-daniel-mueller	2022-07-19	Build site.
html	bd7dfc2	jens-daniel-mueller	2022-07-15	Build site.
html	b92af2e	jens-daniel-mueller	2022-07-13	Build site.
html	8db1845	jens-daniel-mueller	2022-07-13	Build site.
html	5599f87	jens-daniel-mueller	2022-07-13	Build site.
html	b9847f2	jens-daniel-mueller	2022-07-07	Build site.
html	840dfb7	jens-daniel-mueller	2022-07-07	Build site.
html	78dd2f2	jens-daniel-mueller	2022-07-05	Build site.
html	2807f99	jens-daniel-mueller	2022-07-05	Build site.
html	82cbd17	jens-daniel-mueller	2022-07-05	Build site.
html	b661d5a	jens-daniel-mueller	2022-07-05	Build site.
html	f96b063	jens-daniel-mueller	2022-07-04	Build site.
html	767609e	jens-daniel-mueller	2022-07-04	Build site.
html	f1f428f	jens-daniel-mueller	2022-06-30	Build site.
html	e743d50	jens-daniel-mueller	2022-06-30	Build site.
html	98ba5c6	jens-daniel-mueller	2022-06-30	Build site.
html	21dbfca	jens-daniel-mueller	2022-06-29	Build site.
html	7e8d2ef	jens-daniel-mueller	2022-06-29	Build site.
html	2911893	jens-daniel-mueller	2022-06-24	Build site.
Rmd	91d955b	jens-daniel-mueller	2022-06-24	rerun with depth filter
html	a28c3f7	jens-daniel-mueller	2022-06-16	Build site.
html	469a640	jens-daniel-mueller	2022-06-16	Build site.
html	0c2ca93	jens-daniel-mueller	2022-06-15	Build site.
html	fa647ea	jens-daniel-mueller	2022-05-25	Build site.
html	b7ca0f3	jens-daniel-mueller	2022-05-25	Build site.
html	42feabc	jens-daniel-mueller	2022-05-23	Build site.
html	7290e93	jens-daniel-mueller	2022-05-20	Build site.
Rmd	f3895c6	jens-daniel-mueller	2022-05-20	testrun with annual CESM subset from RECCAP2
html	63b7df0	jens-daniel-mueller	2022-04-11	Build site.
html	debf33d	jens-daniel-mueller	2022-04-11	Build site.
html	6c4f087	jens-daniel-mueller	2022-04-11	Build site.
html	745619a	jens-daniel-mueller	2022-04-11	Build site.
html	f48f95e	jens-daniel-mueller	2022-04-11	Build site.
html	acc478b	jens-daniel-mueller	2022-04-07	Build site.
html	40a3efa	jens-daniel-mueller	2022-04-07	Build site.
html	4af5c45	jens-daniel-mueller	2022-04-07	Build site.
html	36d3277	jens-daniel-mueller	2022-04-07	Build site.
html	1ba3eba	jens-daniel-mueller	2022-04-07	Build site.
html	707b5ac	jens-daniel-mueller	2022-03-24	Build site.
html	72f20e4	jens-daniel-mueller	2022-03-22	Build site.
html	164f90c	jens-daniel-mueller	2022-03-22	Build site.
html	68faa8a	jens-daniel-mueller	2022-03-21	Build site.
html	cb147cc	jens-daniel-mueller	2022-03-21	Build site.
html	1de9aa2	jens-daniel-mueller	2022-03-21	Build site.
html	aaf2d24	jens-daniel-mueller	2022-03-21	Build site.
html	bdc14f1	jens-daniel-mueller	2022-03-21	Build site.
html	5855ede	jens-daniel-mueller	2022-03-14	Build site.
html	6c38fc4	jens-daniel-mueller	2022-03-14	Build site.
html	b18dcee	jens-daniel-mueller	2022-01-27	Build site.
html	1039ef3	jens-daniel-mueller	2022-01-24	Build site.
html	23582a4	jens-daniel-mueller	2022-01-23	Build site.
Rmd	3839169	jens-daniel-mueller	2022-01-23	rerun after R upgrade and with talk calc correction
html	26e57aa	jens-daniel-mueller	2022-01-17	Build site.
html	0a211c9	jens-daniel-mueller	2022-01-17	Build site.
html	035570b	jens-daniel-mueller	2022-01-17	Build site.
html	7a1a2fe	jens-daniel-mueller	2022-01-12	Build site.
html	af4b27f	jens-daniel-mueller	2022-01-12	Build site.
html	ebd7fbc	jens-daniel-mueller	2022-01-09	Build site.
html	013c119	jens-daniel-mueller	2022-01-08	Build site.
Rmd	0957510	jens-daniel-mueller	2022-01-08	run without sal predictor
html	984b603	jens-daniel-mueller	2022-01-06	Build site.
html	2dc49a1	jens-daniel-mueller	2022-01-06	Build site.
Rmd	fcb5724	jens-daniel-mueller	2022-01-06	test cstar_tco2 target
html	cf50b3e	jens-daniel-mueller	2022-01-06	Build site.
Rmd	c1e3356	jens-daniel-mueller	2022-01-06	plot residuals of best models only
html	edc52d7	jens-daniel-mueller	2022-01-06	Build site.
Rmd	2267d0d	jens-daniel-mueller	2022-01-06	plot residuals of best models only - test
html	8d17c91	jens-daniel-mueller	2022-01-05	Build site.
html	dcb68b6	jens-daniel-mueller	2022-01-05	Build site.
html	719a008	jens-daniel-mueller	2022-01-05	Build site.
html	6450fc1	jens-daniel-mueller	2022-01-05	Build site.
html	dfed6a1	jens-daniel-mueller	2022-01-05	Build site.
html	d5af0d7	jens-daniel-mueller	2022-01-04	Build site.
html	f39db85	jens-daniel-mueller	2022-01-04	Build site.
html	4fa937d	jens-daniel-mueller	2022-01-03	Build site.
Rmd	3523f32	jens-daniel-mueller	2022-01-03	tco2 target for 2004-2014
html	da28869	jens-daniel-mueller	2021-12-23	Build site.
Rmd	3046f72	jens-daniel-mueller	2021-12-23	rerun without log(phosphate) predictor, test tco2 target
html	6c0fee8	jens-daniel-mueller	2021-12-23	Build site.
Rmd	5e976de	jens-daniel-mueller	2021-12-23	added residual vs predictor plots
html	8900388	jens-daniel-mueller	2021-12-23	Build site.
html	afdc482	jens-daniel-mueller	2021-12-21	Build site.
html	2fe7f8e	jens-daniel-mueller	2021-12-08	Build site.
html	a768c5d	jens-daniel-mueller	2021-12-07	Build site.
html	a7c514b	jens-daniel-mueller	2021-12-07	Build site.
html	bc1edbd	jens-daniel-mueller	2021-12-07	Build site.
html	6cfccf7	jens-daniel-mueller	2021-12-06	Build site.
html	3c60929	jens-daniel-mueller	2021-12-06	Build site.
html	3f76ee3	jens-daniel-mueller	2021-12-06	Build site.
html	2ca1313	jens-daniel-mueller	2021-12-05	Build site.
html	6a78608	jens-daniel-mueller	2021-12-02	Build site.
html	a83a09b	jens-daniel-mueller	2021-11-29	Build site.
html	72c1041	jens-daniel-mueller	2021-11-23	Build site.
html	3eba8ac	jens-daniel-mueller	2021-11-23	Build site.
html	ec18ee5	jens-daniel-mueller	2021-11-23	Build site.
html	59cdf58	jens-daniel-mueller	2021-11-22	Build site.
html	3ae2dd1	jens-daniel-mueller	2021-11-21	Build site.
html	5b46219	jens-daniel-mueller	2021-11-21	Build site.
html	99fd72e	jens-daniel-mueller	2021-11-21	Build site.
html	5016fc9	jens-daniel-mueller	2021-11-19	Build site.
html	6562075	jens-daniel-mueller	2021-11-19	Build site.
html	6b80483	jens-daniel-mueller	2021-11-19	Build site.
html	98d9e33	jens-daniel-mueller	2021-11-11	Build site.
html	d3cb92d	jens-daniel-mueller	2021-11-08	Build site.
html	3879a6d	jens-daniel-mueller	2021-11-08	Build site.
html	0e032dc	jens-daniel-mueller	2021-11-04	Build site.
html	abcd28f	jens-daniel-mueller	2021-11-02	Build site.
html	290c8fc	jens-daniel-mueller	2021-11-02	Build site.
html	e02acc9	jens-daniel-mueller	2021-11-01	Build site.
html	58da811	jens-daniel-mueller	2021-11-01	Build site.
html	2781a97	jens-daniel-mueller	2021-10-29	Build site.
html	973192c	jens-daniel-mueller	2021-10-28	Build site.
html	f792cd8	jens-daniel-mueller	2021-10-27	Build site.
html	22750db	jens-daniel-mueller	2021-10-27	Build site.
html	3992e41	jens-daniel-mueller	2021-10-27	Build site.
html	f9280c7	jens-daniel-mueller	2021-10-21	Build site.
html	bfe90e6	jens-daniel-mueller	2021-10-21	Build site.
html	78a956e	jens-daniel-mueller	2021-10-21	Build site.
html	1ba14cf	jens-daniel-mueller	2021-10-20	Build site.
html	dc0723b	jens-daniel-mueller	2021-10-19	Build site.
html	cd0ebd8	jens-daniel-mueller	2021-10-18	Build site.
html	046c556	jens-daniel-mueller	2021-10-07	Build site.
html	ac73c23	jens-daniel-mueller	2021-10-07	Build site.
html	0bd4ea2	jens-daniel-mueller	2021-10-07	Build site.
html	6969c18	jens-daniel-mueller	2021-10-07	check data distribution
html	06afaca	jens-daniel-mueller	2021-09-23	Build site.
html	410dd46	jens-daniel-mueller	2021-09-22	Build site.
Rmd	e56c3c5	jens-daniel-mueller	2021-09-22	rerun with classical rmse vif selection
html	5a36231	jens-daniel-mueller	2021-09-22	Build site.
Rmd	ef591b4	jens-daniel-mueller	2021-09-22	rerun with alternative rmse vif selection
html	ce9412c	jens-daniel-mueller	2021-09-22	Build site.
Rmd	73cc280	jens-daniel-mueller	2021-09-22	new vif plots added
html	c0bbbe4	jens-daniel-mueller	2021-09-22	Build site.
Rmd	d69f5d5	jens-daniel-mueller	2021-09-22	rerun with 7 predictors
html	9eac969	jens-daniel-mueller	2021-08-30	Build site.
html	3a584b7	jens-daniel-mueller	2021-08-30	Build site.
Rmd	ec2c293	jens-daniel-mueller	2021-08-30	rerun with surface dic regression approach
html	6e17588	jens-daniel-mueller	2021-08-24	Build site.
html	deb425c	jens-daniel-mueller	2021-08-24	Build site.
html	534854b	jens-daniel-mueller	2021-08-19	Build site.
html	77f4ba7	jens-daniel-mueller	2021-08-19	Build site.
html	ece96df	jens-daniel-mueller	2021-08-19	Build site.
html	27c99b8	jens-daniel-mueller	2021-08-19	Build site.
html	a03f2f0	jens-daniel-mueller	2021-08-18	Build site.
html	9335b31	jens-daniel-mueller	2021-08-10	Build site.
html	9943b45	jens-daniel-mueller	2021-08-10	Build site.
html	0b00a2b	jens-daniel-mueller	2021-08-09	Build site.
Rmd	e675869	jens-daniel-mueller	2021-08-09	without P, AIP basins
html	755c6b1	jens-daniel-mueller	2021-08-09	Build site.
html	cd8e0d5	jens-daniel-mueller	2021-08-06	Build site.
html	15773a0	jens-daniel-mueller	2021-08-06	included calculation of revelle factor
html	da61d1a	jens-daniel-mueller	2021-08-06	Build site.
html	340d731	jens-daniel-mueller	2021-08-06	Build site.
html	71546e4	jens-daniel-mueller	2021-08-06	test with stricter CANYON-B filtering
html	29444a1	jens-daniel-mueller	2021-08-05	Build site.
html	42e80c0	jens-daniel-mueller	2021-08-04	Build site.
html	48f6eed	jens-daniel-mueller	2021-08-04	Build site.
html	1c597ab	jens-daniel-mueller	2021-08-04	Build site.
html	81a46a4	jens-daniel-mueller	2021-08-03	Build site.
html	b88c61b	jens-daniel-mueller	2021-08-03	Build site.
html	0f0d5e5	jens-daniel-mueller	2021-08-03	Build site.
Rmd	4d7bb5a	jens-daniel-mueller	2021-08-03	test rlm model fitting
html	a53656d	jens-daniel-mueller	2021-08-03	Build site.
html	88f7356	jens-daniel-mueller	2021-08-02	Build site.
html	d759279	jens-daniel-mueller	2021-08-02	Build site.
html	127b801	jens-daniel-mueller	2021-07-24	Build site.
html	1f65ef1	jens-daniel-mueller	2021-07-23	Build site.
html	912d90e	jens-daniel-mueller	2021-07-23	Build site.
html	2477316	jens-daniel-mueller	2021-07-23	rebuild: surface dcant mapping seperate
html	c9ccc00	jens-daniel-mueller	2021-07-22	Build site.
html	426b2df	jens-daniel-mueller	2021-07-21	Build site.
html	971ce87	jens-daniel-mueller	2021-07-13	Build site.
Rmd	89d9fcb	jens-daniel-mueller	2021-07-13	complete revision
html	c18a8b1	jens-daniel-mueller	2021-07-09	Build site.
Rmd	795a3b0	jens-daniel-mueller	2021-07-09	complete revision
html	910d64a	jens-daniel-mueller	2021-07-02	Build site.
html	1cbf907	jens-daniel-mueller	2021-07-02	Build site.
html	955f5dc	jens-daniel-mueller	2021-06-29	Build site.
html	9480f94	jens-daniel-mueller	2021-06-29	Build site.
Rmd	af271b5	jens-daniel-mueller	2021-06-29	plot spatial residual ditribution
html	147cb07	jens-daniel-mueller	2021-06-29	Build site.
Rmd	80ae560	jens-daniel-mueller	2021-06-29	plot spatial residual ditribution
html	d054c39	jens-daniel-mueller	2021-06-24	Build site.
html	4fcd066	jens-daniel-mueller	2021-06-24	Build site.
html	3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18	Build site.
html	3052a6c	jens-daniel-mueller	2021-06-15	Build site.
html	3cb64bd	jens-daniel-mueller	2021-06-15	Build site.
html	c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14	Build site.
html	48c73fc	jens-daniel-mueller	2021-06-14	Build site.
html	439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11	Build site.
html	33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10	Build site.
html	7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10	Build site.
html	2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10	added zonal mean section control plots
html	69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08	Build site.
html	1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07	Build site.
html	594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04	Build site.
html	db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04	rebuild without overlapping eras
html	2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04	Build site.
html	207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03	Build site.
html	315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03	include anomalous changes
html	be90356	jens-daniel-mueller	2021-06-02	Build site.
html	d37a85d	jens-daniel-mueller	2021-05-31	Build site.
html	4b7a5ee	jens-daniel-mueller	2021-05-28	Build site.
Rmd	a61014f	jens-daniel-mueller	2021-05-28	test run with cstar target variable
html	12b455a	jens-daniel-mueller	2021-05-27	Build site.
Rmd	ee13efb	jens-daniel-mueller	2021-05-27	optional source of local params fully implemented
html	8c736a6	jens-daniel-mueller	2021-05-27	Build site.
Rmd	dc8e4e1	jens-daniel-mueller	2021-05-27	optional source of local params implemented
html	25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26	Build site.
Rmd	e2b3434	jens-daniel-mueller	2021-05-26	generate seperate output
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Rmd	7f77d91	jens-daniel-mueller	2021-02-24	removed log10 color scale
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html	42eca5d	jens-daniel-mueller	2021-02-24	Build site.
Rmd	06a2f3b	jens-daniel-mueller	2021-02-24	purrr residual plots by basin
html	a1ba577	jens-daniel-mueller	2021-02-24	Build site.
Rmd	9ae7d87	jens-daniel-mueller	2021-02-24	loop residual plots by basin
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Rmd	c45672c	jens-daniel-mueller	2021-02-24	added residual plots
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Rmd	5f655e0	jens-daniel-mueller	2021-02-24	added plots back to after switching to map aproach
html	b03fbd3	jens-daniel-mueller	2021-02-24	Build site.
Rmd	c69736b	jens-daniel-mueller	2021-02-24	added plots back to after switching to map aproach
html	86406d5	jens-daniel-mueller	2021-02-24	Build site.
Rmd	1b3c171	jens-daniel-mueller	2021-02-24	introduced purrr::map to model fitting, rebuild all
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Rmd	cbfc388	jens-daniel-mueller	2021-02-23	introduced purrr::map to model fitting
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html	33ba23c	jens-daniel-mueller	2021-01-07	Build site.
Rmd	0ad30ba	jens-daniel-mueller	2021-01-07	removed GLODAP gamma filter, target variable mapped by eras+era
html	318609d	jens-daniel-mueller	2020-12-23	adapted more variable predictor selection
html	9d0b2d0	jens-daniel-mueller	2020-12-23	Build site.
html	0aa2b50	jens-daniel-mueller	2020-12-23	remove html before duplication
html	39113c3	jens-daniel-mueller	2020-12-23	Build site.
Rmd	bef9220	jens-daniel-mueller	2020-12-23	rebuild before sensitivity test
html	2886da0	jens-daniel-mueller	2020-12-19	Build site.
html	02f0ee9	jens-daniel-mueller	2020-12-18	cleaned up for copying template
html	965dba3	jens-daniel-mueller	2020-12-18	Build site.
html	5d452fe	jens-daniel-mueller	2020-12-18	Build site.
Rmd	ca65bf5	jens-daniel-mueller	2020-12-18	rebuild after final cleaning
html	7bcb4eb	jens-daniel-mueller	2020-12-18	Build site.
html	d397028	jens-daniel-mueller	2020-12-18	Build site.
Rmd	7e1b1c0	jens-daniel-mueller	2020-12-18	rebuild without na predictors
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Rmd	737d904	jens-daniel-mueller	2020-12-17	rebuild without na predictors
html	22b07fb	jens-daniel-mueller	2020-12-17	Build site.
html	a84ff3c	jens-daniel-mueller	2020-12-17	Build site.
Rmd	40369db	jens-daniel-mueller	2020-12-17	model selection criterion added
html	5b48ef5	jens-daniel-mueller	2020-12-17	Build site.
Rmd	e6ed2bc	jens-daniel-mueller	2020-12-17	plotted model results
html	f3a708f	jens-daniel-mueller	2020-12-17	Build site.
Rmd	7c8ace9	jens-daniel-mueller	2020-12-17	new MLR fitting routine, rmse corrected
html	e4ca289	jens-daniel-mueller	2020-12-16	Build site.
Rmd	3d5a3e2	jens-daniel-mueller	2020-12-16	new MLR fitting routine
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html	7a9a4cb	jens-daniel-mueller	2020-12-15	Build site.
html	61b263c	jens-daniel-mueller	2020-12-15	Build site.
html	4d612dd	jens-daniel-mueller	2020-12-15	Build site.
html	e91cebd	jens-daniel-mueller	2020-12-15	Build site.
Rmd	d7992c4	jens-daniel-mueller	2020-12-15	eMLR target variable selection
html	953caf3	jens-daniel-mueller	2020-12-15	Build site.
html	42daf5c	jens-daniel-mueller	2020-12-14	Build site.
Rmd	923aa7f	jens-daniel-mueller	2020-12-14	rebuild with new path and auto folder creation
html	984697e	jens-daniel-mueller	2020-12-12	Build site.
html	3ebff89	jens-daniel-mueller	2020-12-12	Build site.
html	ba112d3	jens-daniel-mueller	2020-12-11	Build site.
Rmd	91b2b29	jens-daniel-mueller	2020-12-11	selectable basinmask, try 5
html	b01a367	jens-daniel-mueller	2020-12-09	Build site.
Rmd	71c63b0	jens-daniel-mueller	2020-12-09	rerun with variable predictor assignment
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html	92dca91	jens-daniel-mueller	2020-12-07	Build site.
html	6a8004b	jens-daniel-mueller	2020-12-07	Build site.
html	70bf1a5	jens-daniel-mueller	2020-12-07	Build site.
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html	143d6fa	jens-daniel-mueller	2020-12-07	Build site.
html	abc6818	jens-daniel-mueller	2020-12-03	Build site.
Rmd	992ba15	jens-daniel-mueller	2020-12-03	rebuild with variable inventory depth
html	c8c2e7b	jens-daniel-mueller	2020-12-03	Build site.
Rmd	83203db	jens-daniel-mueller	2020-12-03	calculate cant with variable inventory depth
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html	7c25f7a	jens-daniel-mueller	2020-12-02	Build site.
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html	c987de1	jens-daniel-mueller	2020-12-02	Build site.
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html	b03ddb8	jens-daniel-mueller	2020-12-02	Build site.
Rmd	9183e8f	jens-daniel-mueller	2020-12-02	revised assignment of era to eras
html	22d0127	jens-daniel-mueller	2020-12-01	Build site.
html	0ff728b	jens-daniel-mueller	2020-12-01	Build site.
html	91435ae	jens-daniel-mueller	2020-12-01	Build site.
Rmd	17d09be	jens-daniel-mueller	2020-12-01	auto eras naming
html	cf19652	jens-daniel-mueller	2020-11-30	Build site.
Rmd	0895ad6	jens-daniel-mueller	2020-11-30	rebuild with all plot output
Rmd	2842970	jens-daniel-mueller	2020-11-30	cleaned for eMLR part only
html	196be51	jens-daniel-mueller	2020-11-30	Build site.
Rmd	7a4b015	jens-daniel-mueller	2020-11-30	first rebuild on ETH server
Rmd	bc61ce3	Jens Müller	2020-11-30	Initial commit

---

1 Version ID

The results displayed on this site correspond to the Version_ID: v_XXX

2 Required data

Required are:

• cleaned and prepared GLODAPv2_2020 file

GLODAP <-
  read_csv(paste(path_version_data,
                 "GLODAPv2.2020_MLR_fitting_ready.csv",
                 sep = ""))

3 Predictor combinations

Find all possible combinations of following considered predictor variables:

• sal, temp, aou, oxygen, phosphate, nitrate, silicate

# the following code is a workaround to find all predictor combinations
# using the olsrr package and fit all models for one era, slab, and basin

i_basin <- unique(GLODAP$basin)[1]
i_era   <- unique(GLODAP$era)[1]

# subset one basin and era for fitting
GLODAP_basin_era <- GLODAP %>%
  filter(basin == i_basin, era == i_era,
         data_source == "obs")

i_gamma_slab <- unique(GLODAP_basin_era$gamma_slab)[3]
print(i_gamma_slab)

# subset one gamma slab
GLODAP_basin_era_slab <- GLODAP_basin_era %>%
  filter(gamma_slab == i_gamma_slab)

# MLR_predictors <-
#   c(
#     params_local$MLR_predictors,
#     params_local$MLR_predictors_trans
#   )

# fit the full linear model, i.e. all predictor combinations
lm_full <- lm(paste(
  params_local$MLR_target,
  paste(params_local$MLR_predictors, collapse = " + "),
  sep = " ~ "
),
data = GLODAP_basin_era_slab)

# fit linear models for all possible predictor combinations
# unfortunately, this functions does not provide model coefficients (yet)
lm_all <- ols_step_all_possible(lm_full)

# convert to tibble
lm_all <- as_tibble(lm_all)

# format model formula
lm_all <- lm_all %>% 
  select(n, predictors) %>% 
  mutate(model = str_replace_all(predictors, " ", " + "),
         model = paste(params_local$MLR_target, "~", model))

# remove helper objects
rm(i_gamma_slab,
   i_era,
   i_basin,
   GLODAP_basin_era,
   GLODAP_basin_era_slab,
   lm_full)

4 Apply predictor threshold

Select combinations with a total number of predictors in the range:

• Minimum: 2
  
• Maximum: 7

lm_all <- lm_all %>% 
  filter(n >= params_local$MLR_predictors_min,
         n <= params_local$MLR_predictors_max)

This results in a total number of MLR models of:

• 120

5 Fit all models

Individual linear regression models were fitted for the chosen target variable:

• cstar_tref

as a function of each predictor combination. Fitting was performed separately within each basin, era, and slab. Model diagnostics, such as the root mean squared error (RMSE), were calculated for each fitted model.

# prepare nested data frame
GLODAP %>%
  filter_all(any_vars(is.na(.)))

GLODAP_nested <- GLODAP %>% 
  # filter(gamma_slab %in% params_local$plot_slabs) %>%
  nest(data = !c(gamma_slab, era, basin, data_source))

# expand with model definitions
GLODAP_nested_lm <- expand_grid(
  GLODAP_nested,
  lm_all#[1:3,]
)

# fit models and extract tidy model output
if (params_local$MLR_function == "lm") {
GLODAP_nested_lm_fit <- GLODAP_nested_lm %>% 
  mutate(
    fit = map2(.x = data, .y = model, 
               ~ lm(as.formula(.y), data = .x))
  )
}

if (params_local$MLR_function == "rlm") {
GLODAP_nested_lm_fit <- GLODAP_nested_lm %>% 
  mutate(
    fit = map2(.x = data, .y = model, 
               ~ MASS::rlm(as.formula(.y), data = .x))
  )
}

# Cautionary note:
# ols_vif_tol requires a lm object with at least 2 predictors

GLODAP_nested_lm_fit <- GLODAP_nested_lm_fit %>% 
  mutate(
    tidied = map(fit, tidy),
    glanced = map(fit, glance),
    augmented = map(fit, augment),
    vif = map(fit, ols_vif_tol)
  )

6 Tidy models

# extract glanced model output (model diagnostics, such as AIC)
GLODAP_glanced <- GLODAP_nested_lm_fit %>%
  select(-c(data, fit, tidied, augmented, vif)) %>%
  unnest(glanced) %>% 
  rename(n_predictors = n)

# extract tidy model output (model coefficients)
GLODAP_tidy <- GLODAP_nested_lm_fit %>%
  select(-c(data, fit, glanced, augmented, vif)) %>%
  unnest(tidied)

# extract augmented model output (fitted values and residuals)
GLODAP_augmented <- GLODAP_nested_lm_fit %>% 
  select(-c(data, fit, tidied, glanced, vif)) %>% 
  unnest(augmented) 

# print(object.size(GLODAP_augmented), units = "MB")

# extract VIF from output
GLODAP_glanced_vif <- GLODAP_nested_lm_fit %>%
  select(-c(data, fit, tidied, augmented, glanced)) %>%
  unnest(vif)

# calculte max VIF per model
GLODAP_glanced_vif_max <- GLODAP_glanced_vif %>% 
  group_by(data_source, era, basin, gamma_slab, model, n) %>% 
  summarise(vif_max = max(VIF)) %>% 
  ungroup()

# calculate RMSE from augmented output
GLODAP_glanced_rmse <- GLODAP_augmented %>%
  group_by(data_source, era, basin, gamma_slab, model) %>%
  summarise(rmse = sqrt(c(crossprod(.resid)) / length(.resid))) %>%
  ungroup()

# add RMSE and vif_max to glanced output
GLODAP_glanced <- full_join(GLODAP_glanced, GLODAP_glanced_rmse)
GLODAP_glanced <- full_join(GLODAP_glanced, GLODAP_glanced_vif_max)
rm(GLODAP_glanced_rmse)
rm(GLODAP_glanced_vif_max)


# extract input data
GLODAP_data <- GLODAP_nested_lm_fit %>%
  select(-c(fit, tidied, glanced, augmented, vif)) %>%
  unnest(data)

# append input data with augmented data
GLODAP_augmented <- bind_cols(
  GLODAP_data,
  GLODAP_augmented %>% select(.fitted, .resid)
)

rm(GLODAP, GLODAP_nested, GLODAP_nested_lm, GLODAP_nested_lm_fit, lm_all,
   GLODAP_data)

7 Prepare coeffcients

Coefficients are prepared for the mapping of Cant and the chosen target variable.

7.1 VIF threshold

To avoid multicollinearity among predictors, models were excluded with a VIF above:

• 500

After removing models affected by multicollinearity, the targeted number of MLRs (10) was undercut in following fitting units:

GLODAP_glanced_clean <- GLODAP_glanced %>% 
  filter(vif_max <= params_local$vif_max)

GLODAP_glanced_clean %>% 
  group_by(data_source, era, basin, gamma_slab) %>% 
  count() %>% 
  filter(n < params_local$MLR_number)

# A tibble: 0 × 5
# Groups:   data_source, era, basin, gamma_slab [0]
# … with 5 variables: data_source <chr>, era <chr>, basin <chr>,
#   gamma_slab <chr>, n <int>

7.2 Predictor selection

Within each basin and slab, the following number of best linear regression models was selected:

• 10

The criterion used to select the best models was:

• rmse

The criterion was summed up for two adjacent eras, and the models with lowest summed values were selected.

# calculate RMSE sum for adjacent eras
lm_all <- GLODAP_glanced_clean  %>%
  select(data_source, basin, gamma_slab, model, era, AIC, BIC, rmse) %>% 
  arrange(era) %>% 
  group_by(data_source, basin, gamma_slab, model) %>% 
  mutate(rmse_sum = rmse + lag(rmse),
         aic_sum = AIC + lag(AIC),
         bic_sum = BIC + lag(BIC)
         ) %>% 
  ungroup() %>% 
  select(-c(era)) %>% 
  drop_na()

# subset models with lowest summed criterion
# chose which criterion is applied

if (params_local$MLR_criterion == "aic") {
  lm_best <- lm_all %>%
    group_by(data_source, basin, gamma_slab) %>%
    slice_min(order_by = aic_sum,
              with_ties = FALSE,
              n = params_local$MLR_number) %>%
    ungroup() %>%
    arrange(basin, gamma_slab, model)
} 

if (params_local$MLR_criterion == "bic") {
  lm_best <- lm_all %>%
    group_by(data_source, basin, gamma_slab) %>%
    slice_min(order_by = bic_sum,
              with_ties = FALSE,
              n = params_local$MLR_number) %>%
    ungroup() %>%
    arrange(basin, gamma_slab, model)
}

if (params_local$MLR_criterion == "rmse") {
  lm_best <- lm_all %>%
    group_by(data_source, basin, gamma_slab) %>%
    slice_min(order_by = rmse_sum,
              with_ties = FALSE,
              n = params_local$MLR_number) %>%
    ungroup() %>%
    arrange(basin, gamma_slab, model)
}


# print table
lm_best %>% 
  kable() %>%
  add_header_above() %>%
  kable_styling() %>%
  scroll_box(width = "100%", height = "400px")

data_source	basin	gamma_slab	model	AIC	BIC	rmse	rmse_sum	aic_sum	bic_sum
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mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + silicate	28332.20	28371.60	3.586569	6.808144	48174.47	48251.38
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + silicate	43340.71	43382.56	3.743114	8.497682	78827.17	78909.18
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + oxygen + phosphate + nitrate + silicate	43368.57	43417.40	3.749238	8.417573	78639.00	78734.68
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + oxygen + phosphate + silicate	28976.70	29016.10	3.813525	7.365945	49567.81	49644.71
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + oxygen + phosphate + silicate	43373.87	43415.73	3.750969	8.479659	78795.32	78877.33
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate	28695.39	28734.79	3.712751	6.740010	48061.12	48138.02
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + nitrate + silicate	43245.91	43301.72	3.719810	8.370120	78472.26	78581.60
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + silicate	27746.24	27792.21	3.391329	6.278396	46750.76	46840.48
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + silicate	43276.76	43325.59	3.727542	8.457409	78703.18	78798.85
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate	28774.73	28814.13	3.740899	6.790639	48197.13	48274.03
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + nitrate + silicate	43269.14	43324.94	3.725276	8.363651	78464.88	78574.22
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + silicate	27831.78	27877.75	3.419059	6.336067	46915.33	47005.05
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + silicate	43291.57	43340.40	3.731034	8.447370	78683.86	78779.54
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate	28698.88	28731.71	3.714689	6.746746	48074.74	48138.82
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate + silicate	27981.58	28020.97	3.468826	6.407464	47119.71	47196.61
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ temp + oxygen + phosphate	28775.00	28807.83	3.741707	6.799899	48216.60	48280.68
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ temp + oxygen + phosphate + nitrate + silicate	45640.51	45689.34	4.328254	9.488780	82104.95	82200.63
mod	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ temp + oxygen + phosphate + silicate	28082.49	28121.88	3.502311	6.477197	47314.53	47391.43
obs	global	(27.95,28.05]	cstar_tref ~ temp + oxygen + phosphate + silicate	45643.24	45685.09	4.329549	9.503316	82136.21	82218.22
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ aou + phosphate + silicate	18517.49	18548.87	2.549008	5.066770	32037.93	32099.15
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + nitrate + silicate	29081.13	29127.26	3.601907	7.831437	52057.75	52147.97
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + silicate	18206.96	18244.62	2.449642	4.380436	30198.35	30271.81
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + silicate	29180.21	29219.75	3.635890	7.951559	52316.64	52393.97
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + oxygen + phosphate + nitrate + silicate	29254.98	29301.12	3.660557	8.059383	52546.60	52636.82
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + oxygen + phosphate + silicate	18672.36	18710.02	2.599069	4.842449	31529.25	31602.71
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate	19292.59	19330.25	2.812469	4.939313	31841.79	31915.25
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + nitrate	29518.05	29564.18	3.751119	7.950723	52437.68	52527.90
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + nitrate + silicate	29033.32	29086.05	3.585280	7.726514	51842.62	51945.72
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + silicate	17698.41	17742.34	2.295581	3.995134	28955.99	29041.69
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + silicate	29150.71	29196.85	3.625268	7.859979	52137.16	52227.38
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate	19354.82	19392.48	2.834826	4.986712	31971.54	32045.00
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + nitrate + silicate	29023.62	29076.35	3.582050	7.740464	51866.15	51969.25
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + silicate	17762.24	17806.18	2.314302	4.039696	29106.87	29192.57
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + silicate	29122.94	29169.07	3.615925	7.860791	52128.61	52218.83
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate	19943.62	19975.01	3.056120	5.233180	32625.43	32686.64
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate + nitrate + silicate	29607.11	29653.25	3.782285	7.966911	52498.07	52588.28
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate + silicate	17696.84	17734.50	2.295707	4.022633	29044.58	29118.04
obs	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ temp + oxygen + phosphate + nitrate + silicate	29667.45	29713.58	3.803546	8.012479	52604.89	52695.10
mod	global	(28.05,28.1]	cstar_tref ~ temp + oxygen + phosphate + silicate	17760.33	17797.99	2.314327	4.071482	29208.17	29281.63
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ aou + oxygen + phosphate + silicate	45026.17	45069.90	1.943090	3.747005	85485.32	85572.35
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ aou + phosphate + silicate	45140.22	45176.66	1.953553	3.827342	86362.52	86435.04
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ oxygen + phosphate + silicate	46741.80	46778.24	2.103851	4.181741	90045.76	90118.29
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + nitrate	44437.92	44479.98	3.645879	7.683599	87688.09	87771.83
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + nitrate + silicate	43813.29	43862.36	3.509022	7.428481	86608.80	86706.50
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + silicate	43836.69	43880.42	1.839017	3.506418	82711.43	82798.46
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + aou + phosphate + silicate	43999.98	44042.04	3.549683	7.494431	86892.29	86976.04
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + oxygen + phosphate + silicate	43428.77	43472.49	1.804625	3.497383	82607.39	82694.41
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate	44032.29	44074.36	3.556694	7.457201	86751.35	86835.09
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + nitrate	43919.97	43969.05	3.531953	7.399758	86511.68	86609.38
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + nitrate + silicate	43447.35	43503.44	3.431069	7.233619	85779.68	85891.33
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + silicate	43166.50	43217.52	1.782689	3.432809	81833.48	81935.02
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + aou + phosphate + silicate	43604.37	43653.44	3.464544	7.305561	86089.32	86187.01
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + nitrate + silicate	43814.37	43870.45	3.508824	7.389751	86460.11	86571.77
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + silicate	43332.95	43383.97	1.796474	3.459611	82158.13	82259.67
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ sal + temp + oxygen + phosphate + silicate	44037.68	44086.76	3.557430	7.475069	86826.06	86923.76
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate + nitrate	47094.45	47138.18	2.138271	4.202989	90272.38	90359.41
obs	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate + nitrate + silicate	45285.54	45334.62	3.839067	7.727084	87957.32	88055.02
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ temp + aou + phosphate + silicate	45066.77	45110.50	1.946744	3.760774	85638.50	85725.53
mod	global	(28.1, Inf]	cstar_tref ~ temp + oxygen + phosphate + silicate	45247.63	45291.36	1.963107	3.794624	86012.53	86099.55

7.3 Alternative model selection

GLODAP_glanced %>% 
  filter(data_source == "obs",
         era == "2010-2019") %>% 
  ggplot(aes(rmse, log10(vif_max))) +
  geom_bin2d() +
  scale_fill_viridis_c() +
  facet_grid(gamma_slab ~ basin)

GLODAP_glanced %>% 
  filter(data_source == "obs",
         era == "2010-2019") %>% 
  ggplot(aes(rmse, r.squared)) +
  geom_bin2d() +
  scale_fill_viridis_c() +
  facet_grid(gamma_slab ~ basin)

# calculate RMSE sum for adjacent eras
lm_all_new <- GLODAP_glanced  %>%
  select(data_source, basin, gamma_slab, model, era, AIC, BIC, rmse) %>% 
  arrange(era) %>% 
  group_by(data_source, basin, gamma_slab, model) %>% 
  mutate(rmse_sum = rmse + lag(rmse),
         aic_sum = AIC + lag(AIC),
         bic_sum = BIC + lag(BIC)
         ) %>% 
  ungroup() %>% 
  select(-c(era)) %>% 
  drop_na()

lm_best_rmse_sum_max <- lm_all_new %>%
  group_by(data_source, basin, gamma_slab) %>%
  slice_min(order_by = rmse_sum,
            with_ties = FALSE,
            n = 1) %>%
  ungroup() %>%
  arrange(basin, gamma_slab, model) %>% 
  mutate(rmse_sum_max = rmse_sum*1.1) %>% 
  select(data_source, basin, gamma_slab, rmse_sum_max)

lm_best_new <- 
  full_join(lm_all_new, lm_best_rmse_sum_max) %>% 
  filter(rmse_sum < rmse_sum_max)

GLODAP_glanced_new <- 
  left_join(lm_best_new %>% select(data_source, basin, gamma_slab, model),
            GLODAP_glanced) 

GLODAP_glanced_new %>% 
  filter(data_source == "obs",
         era == "2010-2019") %>% 
  ggplot(aes(rmse, log10(vif_max))) +
  geom_bin2d() +
  scale_fill_viridis_c() +
  facet_grid(gamma_slab ~ basin)

GLODAP_glanced_new %>% 
  filter(data_source == "obs",
         era == "2010-2019") %>% 
  ggplot(aes(rmse, r.squared)) +
  geom_bin2d() +
  scale_fill_viridis_c() +
  facet_grid(gamma_slab ~ basin)

# GLODAP_glanced_new %>%
#   group_by(data_source, basin, gamma_slab) %>%
#   count() %>% 
#   arrange(n)

lm_best_new <- GLODAP_glanced_new %>%
  select(data_source, basin, gamma_slab, model, era, rmse, vif_max) %>%
  arrange(era) %>%
  group_by(data_source, basin, gamma_slab, model) %>%
  mutate(
    vif_max_sum = vif_max + lag(vif_max)
  ) %>%
  ungroup() %>%
  select(-c(era)) %>%
  drop_na() %>%
  group_by(data_source, basin, gamma_slab) %>%
  slice_min(order_by = vif_max_sum,
            with_ties = FALSE,
            n = params_local$MLR_number) %>%
  ungroup() %>%
  arrange(basin, gamma_slab, model)

# ggplot() +
#   geom_point(data = GLODAP_glanced %>%
#                filter(data_source == "obs",
#                       era == "2010-2019"),
#              aes(rmse, log10(vif_max), col = "all")) +
#   geom_point(
#     data = GLODAP_glanced_new %>%
#       filter(data_source == "obs",
#              era == "2010-2019"),
#     aes(rmse, log10(vif_max), col = "rmse max")
#   ) +
#   geom_point(
#     data = GLODAP_glanced_clean_new %>%
#       filter(data_source == "obs",
#              era == "2010-2019"),
#     aes(rmse, log10(vif_max), col = "rmse + vif max")
#   ) +
#   facet_grid(gamma_slab ~ basin)

lm_all <- lm_all_new

lm_best <- 
  left_join(lm_best_new %>% select(-c(vif_max, vif_max_sum)),
            lm_all)

GLODAP_glanced_clean <- GLODAP_glanced_new

7.4 Target variable coefficients

A data frame to map the target variable is prepared.

# extend best model selection with coefficients

lm_best <- left_join(
  lm_best,
  GLODAP_tidy %>% select(data_source, basin, gamma_slab, era, model, term, estimate)
)

7.5 dcant coeffcients

A data frame of coefficient offsets is prepared to facilitate the direct mapping of dcant.

# subtract coefficients of adjacent era  
lm_best_dcant <- lm_best %>%
  select(-c(AIC, BIC, rmse, aic_sum, bic_sum, rmse_sum)) %>% 
  arrange(era) %>%
  group_by(data_source, basin, gamma_slab, model, term) %>%
  mutate(delta_coeff = estimate - lag(estimate)) %>%
  ungroup() %>%
  arrange(basin, gamma_slab, model, term) %>%
  drop_na() %>%
  select(-c(era,estimate))

# pivot to wide format
lm_best_dcant <- lm_best_dcant %>%
  pivot_wider(values_from = delta_coeff,
              names_from = term,
              names_prefix = "delta_coeff_",
              values_fill = 0)

# create table of target variable coefficients in wide format
lm_best_target <- lm_best %>% 
  select(-c(AIC, BIC, rmse, aic_sum, bic_sum, rmse_sum)) %>% 
  pivot_wider(names_from = "term",
              names_prefix = "coeff_",
              values_from = "estimate",
              values_fill = 0
              )

GLODAP_augmented_best <- left_join(
  lm_best_target %>% select(data_source, basin, gamma_slab, era, model),
  GLODAP_augmented
)

7.6 Write files

lm_best_target %>%
  write_csv(paste(path_version_data,
                  "lm_best_target.csv",
                  sep = ""))

lm_best_dcant %>%
  write_csv(paste(path_version_data,
                  "lm_best_dcant.csv",
                  sep = ""))

GLODAP_augmented_best %>%
  write_csv(paste(path_version_data,
                  "lm_residuals_best_models.csv",
                  sep = ""))

GLODAP_glanced %>%
  write_csv(paste(path_version_data,
                  "lm_model_metrics.csv",
                  sep = ""))

8 Model diagnotics

8.1 Selection criterion vs predictors

The selection criterion (rmse) was plotted against the number of predictors (limited to 2 - 7).

8.1.1 All models

GLODAP_glanced %>%
  group_split(era) %>%
  # head(1) %>%
  map(
    ~ ggplot(data = .x,
             aes(
               as.factor(n_predictors),
               !!sym(params_local$MLR_criterion),
               col = data_source
             )) +
      geom_hline(yintercept = c(0, 10)) +
      geom_boxplot() +
      facet_grid(gamma_slab ~ basin) +
      scale_color_brewer(palette = "Set1") +
      ylim(c(0, NA)) +
      labs(x = "Number of predictors",
           title = paste("Era:", unique(.x$era)))
  )

[[1]]

Past versions of eMLR_predictor_model_quality_all-1.png

Version	Author	Date
800243c	jens-daniel-mueller	2022-10-28
4ba3af5	jens-daniel-mueller	2022-10-25
28e3163	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e8f1f22	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e99ca0b	jens-daniel-mueller	2022-10-24
591702e	jens-daniel-mueller	2022-10-24
a4c6d61	jens-daniel-mueller	2022-10-18
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8.1.2 Best models

left_join(lm_best_target %>% select(basin, gamma_slab, era, model),
          GLODAP_glanced) %>%
  group_split(era) %>%
  # head(1) %>%
  imap(
  ~ ggplot(data = .x,
         aes("",
             !!sym(params_local$MLR_criterion),
             col = data_source)) +
  geom_hline(yintercept = c(0, 10)) +
  geom_boxplot() +
  facet_grid(gamma_slab ~ basin) +
  scale_color_brewer(palette = "Set1") +
  ylim(c(0, NA)) +
  labs(x = "Number of predictors pooled",
           title = paste("Era:", unique(.x$era)))
  )

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8.2 RMSE correlation between eras

RMSE was plotted to compare the agreement for one model applied to two adjecent eras (ie check whether the same predictor combination performs equal in both eras).

8.2.1 All models

# find max rmse to scale axis
max_rmse <-
  max(c(lm_all$rmse,
        lm_all$rmse_sum - lm_all$rmse))

lm_all %>%
  ggplot(aes(rmse, rmse_sum - rmse, col = gamma_slab)) +
  geom_point() +
  scale_color_viridis_d() +
  coord_equal(xlim = c(0, max_rmse),
              ylim = c(0, max_rmse)) +
  geom_abline(slope = 1,
              col = 'red') +
  facet_grid(data_source ~ basin)

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rm(max_rmse)

8.2.2 Best models

# find max rmse to scale axis
max_rmse <-
  max(c(lm_best$rmse,
        lm_best$rmse_sum - lm_best$rmse))

lm_best %>%
  ggplot(aes(rmse, rmse_sum - rmse, col = gamma_slab)) +
  geom_point() +
  scale_color_viridis_d() +
  coord_equal(xlim = c(0, max_rmse),
              ylim = c(0, max_rmse)) +
  geom_abline(slope = 1,
              col = 'red') +
  facet_grid(data_source ~ basin)

Past versions of rmse_correlation_across_eras_best_models-1.png

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380d215	jens-daniel-mueller	2021-03-21
33b385b	jens-daniel-mueller	2021-03-20
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af75ebf	jens-daniel-mueller	2021-03-14
5017709	jens-daniel-mueller	2021-03-11
585b07f	jens-daniel-mueller	2021-03-11
85a5ed2	jens-daniel-mueller	2021-03-10
6c0bec6	jens-daniel-mueller	2021-03-05
3c2ec33	jens-daniel-mueller	2021-03-05
af70b94	jens-daniel-mueller	2021-03-04
ac1a836	jens-daniel-mueller	2021-02-24
b03fbd3	jens-daniel-mueller	2021-02-24
3d3b4cc	jens-daniel-mueller	2021-02-23
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33ba23c	jens-daniel-mueller	2021-01-07
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9d0b2d0	jens-daniel-mueller	2020-12-23
0aa2b50	jens-daniel-mueller	2020-12-23
2886da0	jens-daniel-mueller	2020-12-19
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7bcb4eb	jens-daniel-mueller	2020-12-18
7131186	jens-daniel-mueller	2020-12-17
a84ff3c	jens-daniel-mueller	2020-12-17

rm(max_rmse)

8.3 Predictor counts

The number of models where a particular predictor was included were counted for each basin, density slab and compared eras

# calculate cases of predictor used
lm_best_predictor_counts <- lm_best_dcant %>% 
  pivot_longer(starts_with("delta_coeff_"),
               names_to = "term",
               names_prefix = "delta_coeff_",
               values_to = "delta_coeff") %>% 
  filter(term != "(Intercept)",
         delta_coeff != 0) %>% 
  group_by(data_source, basin, gamma_slab) %>% 
  count(term) %>% 
  ungroup() %>% 
  pivot_wider(values_from = n, names_from = term)

# print table
lm_best_predictor_counts %>%
  gt(rowname_col = "gamma_slab",
     groupname_col = c("basin", "data_source")) %>% 
  summary_rows(
    groups = TRUE,
    fns = list(total = "sum")
  )

	aou	nitrate	oxygen	phosphate	sal	silicate	temp
global - mod
(-Inf,26]	7	6	6	10	10	6	7
(26,26.5]	7	7	7	10	9	7	6
(26.5,26.75]	7	7	6	10	8	8	7
(26.75,27]	10	5	5	10	4	6	5
(27,27.25]	8	8	5	10	5	6	7
(27.25,27.5]	7	9	5	10	5	6	8
(27.5,27.75]	9	7	5	10	7	5	6
(27.75,27.85]	6	NA	4	10	6	5	8
(27.85,27.95]	5	NA	5	10	6	6	8
(27.95,28.05]	5	NA	5	10	6	6	8
(28.05,28.1]	6	NA	4	10	6	7	7
(28.1, Inf]	6	1	5	10	4	9	5
total	83.00	—	62.00	120.00	76.00	77.00	82.00
global - obs
(-Inf,26]	6	6	7	10	10	6	7
(26,26.5]	6	6	6	10	8	5	8
(26.5,26.75]	6	5	6	10	8	5	8
(26.75,27]	8	5	5	10	7	6	7
(27,27.25]	6	6	5	10	5	8	9
(27.25,27.5]	6	5	4	10	6	10	8
(27.5,27.75]	6	5	5	10	5	10	8
(27.75,27.85]	6	5	4	10	6	10	8
(27.85,27.95]	4	5	6	10	8	10	6
(27.95,28.05]	4	5	6	10	8	10	6
(28.05,28.1]	6	7	4	10	8	9	7
(28.1, Inf]	8	6	2	10	9	7	7
total	72.00	66.00	60.00	120.00	88.00	96.00	89.00

8.4 RMSE alternatives

8.4.1 AIC

AIC is an alternative criterion to RMSE to judge model quality, but not (yet) taken into account.

lm_all %>% 
  ggplot(aes(rmse, AIC, col = gamma_slab)) +
  geom_point() +
  scale_color_viridis_d() +
  facet_grid(data_source~basin)

Past versions of aic_vs_rmse_all_models-1.png

Version	Author	Date
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4ba3af5	jens-daniel-mueller	2022-10-25
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e8f1f22	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e99ca0b	jens-daniel-mueller	2022-10-24
591702e	jens-daniel-mueller	2022-10-24
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12cb319	jens-daniel-mueller	2022-09-26
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840dfb7	jens-daniel-mueller	2022-07-07
78dd2f2	jens-daniel-mueller	2022-07-05
2807f99	jens-daniel-mueller	2022-07-05
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e743d50	jens-daniel-mueller	2022-06-30
98ba5c6	jens-daniel-mueller	2022-06-30
21dbfca	jens-daniel-mueller	2022-06-29
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dfed6a1	jens-daniel-mueller	2022-01-05
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2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
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8.4.2 AIC vs BIC

BIC is an alternative criterion to RMSE to judge model quality, but not (yet) taken into account.

lm_all %>% 
  ggplot(aes(AIC, BIC, col = gamma_slab)) +
  geom_point() +
  scale_color_viridis_d() +
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Past versions of BIC_vs_AIC_all_models-1.png

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8.5 RMSE vs VIF

GLODAP_glanced %>%
  group_by(data_source) %>%
  group_split() %>%
  # head(1) %>% 
  map(
    ~ ggplot(data = .x,
             aes(rmse, log10(vif_max), col = as.factor(n_predictors))) +
      geom_hline(yintercept = log10(params_local$vif_max)) +
      geom_point() +
      scale_color_viridis_d(name = "n_predictors") +
      labs(title = "All models",
           subtitle = paste("data_source:", unique(.x$data_source))) +
      facet_grid(gamma_slab ~ basin)
  )

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  group_by(data_source) %>%
  group_split() %>%
  # head(1) %>% 
  map(
    ~ ggplot(data = .x,
             aes(rmse, log10(vif_max), col = as.factor(n_predictors))) +
      geom_hline(yintercept = log10(params_local$vif_max)) +
      geom_point() +
      scale_color_viridis_d(name = "n_predictors") +
      labs(title = "Selected models",
           subtitle = paste("data_source:", unique(.x$data_source))) +
      facet_grid(gamma_slab ~ basin)
  )

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8.6 Residual patterns

8.6.1 Fitted vs true

Plotted are fitted vs actual target variable values, here: cstar_tref

i_binwidth <- 2

p_prop_prop(df = GLODAP_augmented,
            var1 = params_local$MLR_target,
            var2 = ".fitted") +
  facet_grid(basin_AIP ~ data_source) +
  labs(title = "All models")

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GLODAP_augmented %>%
  ggplot(aes(!!sym(params_local$MLR_target) - .fitted)) +
  geom_histogram(binwidth = i_binwidth) +
  labs(title = "All models") +
  scale_x_continuous(limits = c(-50,50)) +
  facet_wrap(~data_source)

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88f7356	jens-daniel-mueller	2021-08-02
d759279	jens-daniel-mueller	2021-08-02
127b801	jens-daniel-mueller	2021-07-24
912d90e	jens-daniel-mueller	2021-07-23
2477316	jens-daniel-mueller	2021-07-23
c9ccc00	jens-daniel-mueller	2021-07-22
971ce87	jens-daniel-mueller	2021-07-13

8.6.2 Pooled

In the following, we present residual patterns vs latitude across all domains.

i_ylim <- c(-30,30)

GLODAP_augmented_best %>%
  ggplot(aes(lat, .resid)) +
  geom_bin2d(binwidth = i_binwidth) +
  geom_hline(yintercept = 0, col = "black") +
  scale_fill_viridis_c(trans = "log10") +
  labs(
    title = paste(
      "Target variable:",
      params_local$MLR_target,
      "| Selected models",
      "| All domains"
    )
  ) +
  facet_wrap(~data_source)

Past versions of residual_patterns_full_range-1.png

Version	Author	Date
800243c	jens-daniel-mueller	2022-10-28
4ba3af5	jens-daniel-mueller	2022-10-25
28e3163	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e8f1f22	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e99ca0b	jens-daniel-mueller	2022-10-24
591702e	jens-daniel-mueller	2022-10-24
a4c6d61	jens-daniel-mueller	2022-10-18
12cb319	jens-daniel-mueller	2022-09-26
5ed1b6b	jens-daniel-mueller	2022-07-19
233fa96	jens-daniel-mueller	2022-07-19
b92af2e	jens-daniel-mueller	2022-07-13
5599f87	jens-daniel-mueller	2022-07-13
b9847f2	jens-daniel-mueller	2022-07-07
840dfb7	jens-daniel-mueller	2022-07-07
78dd2f2	jens-daniel-mueller	2022-07-05
2807f99	jens-daniel-mueller	2022-07-05
82cbd17	jens-daniel-mueller	2022-07-05
b661d5a	jens-daniel-mueller	2022-07-05
f96b063	jens-daniel-mueller	2022-07-04
767609e	jens-daniel-mueller	2022-07-04
f1f428f	jens-daniel-mueller	2022-06-30
e743d50	jens-daniel-mueller	2022-06-30
98ba5c6	jens-daniel-mueller	2022-06-30
21dbfca	jens-daniel-mueller	2022-06-29
7e8d2ef	jens-daniel-mueller	2022-06-29
2911893	jens-daniel-mueller	2022-06-24
a28c3f7	jens-daniel-mueller	2022-06-16
469a640	jens-daniel-mueller	2022-06-16
0c2ca93	jens-daniel-mueller	2022-06-15
fa647ea	jens-daniel-mueller	2022-05-25
b7ca0f3	jens-daniel-mueller	2022-05-25
42feabc	jens-daniel-mueller	2022-05-23
7290e93	jens-daniel-mueller	2022-05-20
63b7df0	jens-daniel-mueller	2022-04-11
6c4f087	jens-daniel-mueller	2022-04-11
745619a	jens-daniel-mueller	2022-04-11
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40a3efa	jens-daniel-mueller	2022-04-07
4af5c45	jens-daniel-mueller	2022-04-07
36d3277	jens-daniel-mueller	2022-04-07
1ba3eba	jens-daniel-mueller	2022-04-07
707b5ac	jens-daniel-mueller	2022-03-24
72f20e4	jens-daniel-mueller	2022-03-22
164f90c	jens-daniel-mueller	2022-03-22
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a768c5d	jens-daniel-mueller	2021-12-07
a7c514b	jens-daniel-mueller	2021-12-07
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3c60929	jens-daniel-mueller	2021-12-06
3f76ee3	jens-daniel-mueller	2021-12-06
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a83a09b	jens-daniel-mueller	2021-11-29
72c1041	jens-daniel-mueller	2021-11-23
3eba8ac	jens-daniel-mueller	2021-11-23
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2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
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db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04
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b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16
ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15
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a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
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06bfaf7	jens-daniel-mueller	2021-03-26
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03b6009	jens-daniel-mueller	2021-03-23
de6256b	jens-daniel-mueller	2021-03-23
f155edd	jens-daniel-mueller	2021-03-23
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33b385b	jens-daniel-mueller	2021-03-20
108d6b2	jens-daniel-mueller	2021-03-20
83a13de	jens-daniel-mueller	2021-03-20
cf98c6d	jens-daniel-mueller	2021-03-16
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0bade3b	jens-daniel-mueller	2021-03-15
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af75ebf	jens-daniel-mueller	2021-03-14
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585b07f	jens-daniel-mueller	2021-03-11
85a5ed2	jens-daniel-mueller	2021-03-10
6c0bec6	jens-daniel-mueller	2021-03-05
3c2ec33	jens-daniel-mueller	2021-03-05
af70b94	jens-daniel-mueller	2021-03-04
27ae473	jens-daniel-mueller	2021-02-24
4bc00ea	jens-daniel-mueller	2021-02-24

Due to the few large residuals, we limit the y axis range for the plots below.

GLODAP_augmented_best %>%
  ggplot(aes(lat, .resid)) +
  geom_bin2d(binwidth = i_binwidth) +
  geom_hline(yintercept = 0, col = "black") +
  scale_fill_viridis_c(trans = "log10") +
  coord_cartesian(ylim = i_ylim) +
  labs(
    title = paste(
      "Target variable:",
      params_local$MLR_target,
      "| Selected models",
      "| All domains"
    )
  ) +
  facet_wrap(~data_source)

Past versions of residual_patterns_y_range_limit-1.png

Version	Author	Date
800243c	jens-daniel-mueller	2022-10-28
4ba3af5	jens-daniel-mueller	2022-10-25
28e3163	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e8f1f22	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e99ca0b	jens-daniel-mueller	2022-10-24
591702e	jens-daniel-mueller	2022-10-24
a4c6d61	jens-daniel-mueller	2022-10-18
12cb319	jens-daniel-mueller	2022-09-26
5ed1b6b	jens-daniel-mueller	2022-07-19
233fa96	jens-daniel-mueller	2022-07-19
b92af2e	jens-daniel-mueller	2022-07-13
5599f87	jens-daniel-mueller	2022-07-13
b9847f2	jens-daniel-mueller	2022-07-07
840dfb7	jens-daniel-mueller	2022-07-07
78dd2f2	jens-daniel-mueller	2022-07-05
2807f99	jens-daniel-mueller	2022-07-05
82cbd17	jens-daniel-mueller	2022-07-05
b661d5a	jens-daniel-mueller	2022-07-05
f96b063	jens-daniel-mueller	2022-07-04
767609e	jens-daniel-mueller	2022-07-04
f1f428f	jens-daniel-mueller	2022-06-30
e743d50	jens-daniel-mueller	2022-06-30
98ba5c6	jens-daniel-mueller	2022-06-30
21dbfca	jens-daniel-mueller	2022-06-29
7e8d2ef	jens-daniel-mueller	2022-06-29
2911893	jens-daniel-mueller	2022-06-24
a28c3f7	jens-daniel-mueller	2022-06-16
469a640	jens-daniel-mueller	2022-06-16
0c2ca93	jens-daniel-mueller	2022-06-15
fa647ea	jens-daniel-mueller	2022-05-25
b7ca0f3	jens-daniel-mueller	2022-05-25
42feabc	jens-daniel-mueller	2022-05-23
7290e93	jens-daniel-mueller	2022-05-20
63b7df0	jens-daniel-mueller	2022-04-11
6c4f087	jens-daniel-mueller	2022-04-11
745619a	jens-daniel-mueller	2022-04-11
f48f95e	jens-daniel-mueller	2022-04-11
acc478b	jens-daniel-mueller	2022-04-07
40a3efa	jens-daniel-mueller	2022-04-07
4af5c45	jens-daniel-mueller	2022-04-07
36d3277	jens-daniel-mueller	2022-04-07
1ba3eba	jens-daniel-mueller	2022-04-07
707b5ac	jens-daniel-mueller	2022-03-24
72f20e4	jens-daniel-mueller	2022-03-22
164f90c	jens-daniel-mueller	2022-03-22
68faa8a	jens-daniel-mueller	2022-03-21
cb147cc	jens-daniel-mueller	2022-03-21
1de9aa2	jens-daniel-mueller	2022-03-21
aaf2d24	jens-daniel-mueller	2022-03-21
bdc14f1	jens-daniel-mueller	2022-03-21
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6c38fc4	jens-daniel-mueller	2022-03-14
b18dcee	jens-daniel-mueller	2022-01-27
1039ef3	jens-daniel-mueller	2022-01-24
23582a4	jens-daniel-mueller	2022-01-23
26e57aa	jens-daniel-mueller	2022-01-17
0a211c9	jens-daniel-mueller	2022-01-17
035570b	jens-daniel-mueller	2022-01-17
af4b27f	jens-daniel-mueller	2022-01-12
ebd7fbc	jens-daniel-mueller	2022-01-09
013c119	jens-daniel-mueller	2022-01-08
984b603	jens-daniel-mueller	2022-01-06
2dc49a1	jens-daniel-mueller	2022-01-06
cf50b3e	jens-daniel-mueller	2022-01-06
edc52d7	jens-daniel-mueller	2022-01-06
8d17c91	jens-daniel-mueller	2022-01-05
dcb68b6	jens-daniel-mueller	2022-01-05
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dfed6a1	jens-daniel-mueller	2022-01-05
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f39db85	jens-daniel-mueller	2022-01-04
4fa937d	jens-daniel-mueller	2022-01-03
da28869	jens-daniel-mueller	2021-12-23
8900388	jens-daniel-mueller	2021-12-23
afdc482	jens-daniel-mueller	2021-12-21
2fe7f8e	jens-daniel-mueller	2021-12-08
a768c5d	jens-daniel-mueller	2021-12-07
a7c514b	jens-daniel-mueller	2021-12-07
bc1edbd	jens-daniel-mueller	2021-12-07
6cfccf7	jens-daniel-mueller	2021-12-06
3c60929	jens-daniel-mueller	2021-12-06
3f76ee3	jens-daniel-mueller	2021-12-06
2ca1313	jens-daniel-mueller	2021-12-05
6a78608	jens-daniel-mueller	2021-12-02
a83a09b	jens-daniel-mueller	2021-11-29
72c1041	jens-daniel-mueller	2021-11-23
3eba8ac	jens-daniel-mueller	2021-11-23
ec18ee5	jens-daniel-mueller	2021-11-23
59cdf58	jens-daniel-mueller	2021-11-22
3ae2dd1	jens-daniel-mueller	2021-11-21
5b46219	jens-daniel-mueller	2021-11-21
5016fc9	jens-daniel-mueller	2021-11-19
6562075	jens-daniel-mueller	2021-11-19
6b80483	jens-daniel-mueller	2021-11-19
98d9e33	jens-daniel-mueller	2021-11-11
d3cb92d	jens-daniel-mueller	2021-11-08
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0e032dc	jens-daniel-mueller	2021-11-04
abcd28f	jens-daniel-mueller	2021-11-02
290c8fc	jens-daniel-mueller	2021-11-02
e02acc9	jens-daniel-mueller	2021-11-01
58da811	jens-daniel-mueller	2021-11-01
2781a97	jens-daniel-mueller	2021-10-29
973192c	jens-daniel-mueller	2021-10-28
f792cd8	jens-daniel-mueller	2021-10-27
22750db	jens-daniel-mueller	2021-10-27
3992e41	jens-daniel-mueller	2021-10-27
f9280c7	jens-daniel-mueller	2021-10-21
bfe90e6	jens-daniel-mueller	2021-10-21
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1ba14cf	jens-daniel-mueller	2021-10-20
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cd0ebd8	jens-daniel-mueller	2021-10-18
046c556	jens-daniel-mueller	2021-10-07
ac73c23	jens-daniel-mueller	2021-10-07
0bd4ea2	jens-daniel-mueller	2021-10-07
6969c18	jens-daniel-mueller	2021-10-07
06afaca	jens-daniel-mueller	2021-09-23
410dd46	jens-daniel-mueller	2021-09-22
5a36231	jens-daniel-mueller	2021-09-22
c0bbbe4	jens-daniel-mueller	2021-09-22
9eac969	jens-daniel-mueller	2021-08-30
3a584b7	jens-daniel-mueller	2021-08-30
deb425c	jens-daniel-mueller	2021-08-24
534854b	jens-daniel-mueller	2021-08-19
77f4ba7	jens-daniel-mueller	2021-08-19
ece96df	jens-daniel-mueller	2021-08-19
27c99b8	jens-daniel-mueller	2021-08-19
a03f2f0	jens-daniel-mueller	2021-08-18
9335b31	jens-daniel-mueller	2021-08-10
9943b45	jens-daniel-mueller	2021-08-10
0b00a2b	jens-daniel-mueller	2021-08-09
755c6b1	jens-daniel-mueller	2021-08-09
cd8e0d5	jens-daniel-mueller	2021-08-06
15773a0	jens-daniel-mueller	2021-08-06
da61d1a	jens-daniel-mueller	2021-08-06
340d731	jens-daniel-mueller	2021-08-06
71546e4	jens-daniel-mueller	2021-08-06
29444a1	jens-daniel-mueller	2021-08-05
42e80c0	jens-daniel-mueller	2021-08-04
48f6eed	jens-daniel-mueller	2021-08-04
81a46a4	jens-daniel-mueller	2021-08-03
b88c61b	jens-daniel-mueller	2021-08-03
a53656d	jens-daniel-mueller	2021-08-03
88f7356	jens-daniel-mueller	2021-08-02
d759279	jens-daniel-mueller	2021-08-02
127b801	jens-daniel-mueller	2021-07-24
912d90e	jens-daniel-mueller	2021-07-23
2477316	jens-daniel-mueller	2021-07-23
c9ccc00	jens-daniel-mueller	2021-07-22
c18a8b1	jens-daniel-mueller	2021-07-09
910d64a	jens-daniel-mueller	2021-07-02
1cbf907	jens-daniel-mueller	2021-07-02
955f5dc	jens-daniel-mueller	2021-06-29
9480f94	jens-daniel-mueller	2021-06-29
147cb07	jens-daniel-mueller	2021-06-29
d054c39	jens-daniel-mueller	2021-06-24
4fcd066	jens-daniel-mueller	2021-06-24
3b6387f	jens-daniel-mueller	2021-06-18
c6b3da6	jens-daniel-mueller	2021-06-14
439ee80	jens-daniel-mueller	2021-06-11
33ffcab	jens-daniel-mueller	2021-06-10
7e1f407	jens-daniel-mueller	2021-06-10
2cbe18c	jens-daniel-mueller	2021-06-10
69c79d0	jens-daniel-mueller	2021-06-08
1772903	jens-daniel-mueller	2021-06-07
594ed9a	jens-daniel-mueller	2021-06-04
db7df0e	jens-daniel-mueller	2021-06-04
2edc791	jens-daniel-mueller	2021-06-04
207339d	jens-daniel-mueller	2021-06-03
315710b	jens-daniel-mueller	2021-06-03
be90356	jens-daniel-mueller	2021-06-02
d37a85d	jens-daniel-mueller	2021-05-31
4b7a5ee	jens-daniel-mueller	2021-05-28
25bd183	jens-daniel-mueller	2021-05-26
62bd574	jens-daniel-mueller	2021-05-20
7c56c39	jens-daniel-mueller	2021-05-19
52e7583	jens-daniel-mueller	2021-05-12
969e631	jens-daniel-mueller	2021-05-12
d2a83bc	jens-daniel-mueller	2021-04-16
c0a47df	jens-daniel-mueller	2021-04-16
50290e8	jens-daniel-mueller	2021-04-16
a00ec94	jens-daniel-mueller	2021-04-16
b6fe355	jens-daniel-mueller	2021-04-16
81b7c6d	jens-daniel-mueller	2021-04-16
ddec5b7	jens-daniel-mueller	2021-04-15
29edae5	jens-daniel-mueller	2021-04-14
099d566	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bb44686	jens-daniel-mueller	2021-04-14
bf40480	jens-daniel-mueller	2021-04-13
9f31fe3	jens-daniel-mueller	2021-04-13
338dd3c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
a79ca2c	jens-daniel-mueller	2021-04-09
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594d503	jens-daniel-mueller	2021-03-26
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2eb881a	jens-daniel-mueller	2021-03-26
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de6256b	jens-daniel-mueller	2021-03-23
f155edd	jens-daniel-mueller	2021-03-23
380d215	jens-daniel-mueller	2021-03-21
33b385b	jens-daniel-mueller	2021-03-20
108d6b2	jens-daniel-mueller	2021-03-20
83a13de	jens-daniel-mueller	2021-03-20
cf98c6d	jens-daniel-mueller	2021-03-16
a1d52ff	jens-daniel-mueller	2021-03-15
0bade3b	jens-daniel-mueller	2021-03-15
27c1f4b	jens-daniel-mueller	2021-03-14
af75ebf	jens-daniel-mueller	2021-03-14
5017709	jens-daniel-mueller	2021-03-11
585b07f	jens-daniel-mueller	2021-03-11
85a5ed2	jens-daniel-mueller	2021-03-10
6c0bec6	jens-daniel-mueller	2021-03-05
3c2ec33	jens-daniel-mueller	2021-03-05
af70b94	jens-daniel-mueller	2021-03-04
27ae473	jens-daniel-mueller	2021-02-24
4bc00ea	jens-daniel-mueller	2021-02-24

8.6.3 By model domain

In the following, we present residual patterns vs latitude for separate model domains, ie basins, density slabs and eras.

GLODAP_augmented_best %>% 
  group_split(basin, data_source) %>% 
  # head(1) %>%
  map(~ ggplot(data = .x, aes(lat, .resid)) +
      geom_bin2d(binwidth = i_binwidth) +
      geom_hline(yintercept = 0, col = "black") +
      scale_fill_viridis_c(trans = "log10") +
      facet_grid(gamma_slab ~ era) +
      coord_cartesian(ylim = i_ylim) +
      labs(
        title = paste(
          "Target:",
          params_local$MLR_target,
          "| best models | basin:",
          unique(.x$basin),
          "| data_source:",
          unique(.x$data_source)
        )
      ))

[[1]]

Past versions of residual_patterns_by_model_domain-1.png

Version	Author	Date
800243c	jens-daniel-mueller	2022-10-28
4ba3af5	jens-daniel-mueller	2022-10-25
28e3163	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e8f1f22	jens-daniel-mueller	2022-10-24
e99ca0b	jens-daniel-mueller	2022-10-24
591702e	jens-daniel-mueller	2022-10-24
a4c6d61	jens-daniel-mueller	2022-10-18
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8.6.4 Latitudinal mean

GLODAP_augmented_best <- GLODAP_augmented_best %>%
  mutate(lat_grid = as.numeric(as.character(cut(
    lat,
    seq(-90, 90, 10),
    seq(-85, 85, 10)
  ))))

lat_residual <- GLODAP_augmented_best %>%
  group_by(data_source, basin, gamma_slab, era, lat_grid) %>% 
  summarise(.resid_mean = mean(.resid)) %>% 
  ungroup()

lat_residual %>%
  group_split(basin) %>% 
  map(
  ~ggplot(data = .x,
          aes(lat_grid, .resid_mean, col=era)) +
  geom_line() +
  geom_point() +
  geom_hline(yintercept = 0, col = "black") +
  facet_grid(gamma_slab ~ data_source) +
    labs(title = paste("Basin:", unique(.x$basin)))
  )

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8.6.5 Latitudinal offset

# calculate residual offset for adjacent eras
lat_residual_offset <- lat_residual  %>%
  select(data_source, basin, gamma_slab, era, lat_grid, .resid_mean) %>% 
  arrange(era) %>% 
  group_by(data_source, basin, gamma_slab, lat_grid) %>% 
  mutate(.resid_mean_offset = .resid_mean - lag(.resid_mean)) %>% 
  ungroup() %>% 
  drop_na()

lat_residual_offset %>%
  ggplot(aes(lat_grid, .resid_mean_offset, col=data_source)) +
  geom_line() +
  geom_point() +
  geom_hline(yintercept = 0, col = "black") +
  facet_grid(gamma_slab ~ basin)

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8.6.6 Spatial mean

GLODAP_augmented_best <- GLODAP_augmented_best %>%
  mutate(lon_grid = as.numeric(as.character(cut(
    lon,
    seq(-360, 500, 10),
    seq(-355, 500, 10)
  ))))

spatial_residual <- GLODAP_augmented_best %>%
  group_by(data_source, gamma_slab, era, lat, lon) %>% 
  summarise(.resid_mean = mean(.resid)) %>% 
  ungroup()

spatial_obs <- GLODAP_augmented_best %>%
  distinct(gamma_slab, era, lat, lon)

spatial_residual %>%
  # rename(lat = lat_grid,
  #        lon = lon_grid) %>%
  filter(gamma_slab %in% params_local$plot_slabs) %>%
  group_split(data_source, gamma_slab) %>%
  # head(1) %>%
  map(~ p_map_dcant_slab(
    df = .x,
    var = ".resid_mean",
    col = "divergent",
    title_text = "Residual distribution",
    subtitle_text = paste(
      "Data source:",
      unique(.x$data_source),
      "| density slab:",
      unique(.x$gamma_slab)
      ),
    legend_title = paste(params_local$MLR_target, "\nbias")
  ) +
    # geom_raster(data = spatial_obs,
    #             aes(lon, lat)) +
    facet_grid(era ~ .) +
    theme_dark()
  )

[[1]]

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4ba3af5	jens-daniel-mueller	2022-10-25
28e3163	jens-daniel-mueller	2022-10-24
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8.6.7 Spatial offset

# calculate residual offset for adjacent eras
spatial_residual_offset <- spatial_residual  %>%
  select(data_source, gamma_slab, era, lat, lon, .resid_mean) %>% 
  arrange(era) %>% 
  group_by(data_source, gamma_slab, lat, lon) %>% 
  mutate(.resid_mean_offset = .resid_mean - lag(.resid_mean)) %>% 
  ungroup() %>% 
  drop_na()

spatial_obs <- spatial_obs %>% 
  count(lon, lat, gamma_slab) %>% 
  filter(n == 2) %>% 
  select(-n)

spatial_residual_offset %>%
  # rename(lat = lat_grid,
  #        lon = lon_grid) %>%
  filter(gamma_slab %in% params_local$plot_slabs) %>%
  group_split(data_source, gamma_slab) %>%
  # head(1) %>%
  map(~ p_map_dcant_slab(
    df = .x,
    var = ".resid_mean_offset",
    col = "divergent",
    title_text = "Residual offset distribution (era 2 - era 1)",
    subtitle_text = paste(
      "Data source:",
      unique(.x$data_source),
      "| density slab:",
      unique(.x$gamma_slab)
      ),
    legend_title = paste(params_local$MLR_target, "\nbias offset")
  ) +
    theme_dark()
    # geom_raster(data = spatial_obs,
    #             aes(lon, lat))
  )

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147cb07	jens-daniel-mueller	2021-06-29

8.6.8 Predictor

GLODAP_augmented_long <- GLODAP_augmented_best %>%
  select(era, basin_AIP, gamma_slab, data_source,
         params_local$MLR_predictors, params_local$MLR_target, .resid) %>% 
  pivot_longer(c(params_local$MLR_predictors,params_local$MLR_target),
               names_to = "predictor",
               values_to = "value")


GLODAP_augmented_long %>%
  filter(gamma_slab %in% params_local$plot_slabs) %>%
  group_split(basin_AIP,
              gamma_slab,
              predictor) %>%
  # head(1) %>%
  map(
    ~ ggplot(data = .x) +
      geom_hline(yintercept = 0) +
      geom_bin_2d(aes(value, .resid)) +
      facet_grid(data_source ~ era) +
      scale_fill_viridis_c(trans = "log10") +
      labs(
        title = paste("basin_AIP:", .x$basin_AIP,
                      "| gamma_slab:", .x$gamma_slab),
        x = .x$predictor
      ) +
      coord_cartesian(ylim = c(-15, 15))
  )

[[1]]

Past versions of residual_vs_predictor-1.png

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6c0fee8	jens-daniel-mueller	2021-12-23

9 VIF

GLODAP_glanced %>% 
  ggplot(aes(as.factor(n),
             log10(vif_max),
             col=data_source)) + 
  geom_hline(yintercept = log10(params_local$vif_max)) +
  scale_color_brewer(palette = "Set1") +
  geom_violin() +
  facet_grid(gamma_slab~basin)

Past versions of vif_distribution_n_predictors-1.png

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